Proovides varieerub korduste arv (korduspiirkond), kordustega külgnev ala (PCR praimerite seondumise ala) on konstantne Homosügoot = mõlemad alleelid on sama pikkusega 14 Heterosügoot = alleelid erineva pikkusega STR korduste tüübid: Microsatellite = simple sequence repeat (SSR) = short tandem repeat (STR) -Dinukleotiid-(CA)(CA)(CA)(CA) -Trinukleotiid-(GCC)(GCC)(GCC) -Tetranukleotiid-(AATG)(AATG)(AATG) -Pentanukleotiid-(AGAAA)(AGAAA) -Heksanukleotiid-(AGTACA)(AGTACA) Alleelide kindlakstegemiseks vajalik suurusel põhinev DNA lahutamine; dinukleotiidsete korduse korral vaja paremat resolutsiooni. 4.Mikrovariantsed STR alleelid (definitsioon, tähistamine) ja null-alleelid (esinemine, miks probleemsed). STR markerite bioloogilised "artefaktid": -"Stutter" produktid -Matriitsist sõltumatu nukleotiidi lisamine -Mikrovariandid -Null-alleelid -Mutatsioonid Mikrovariantsed alleelid ja redelivälised alleelid :
Detekteerimismeetod geel/kapillaarelektroforees Sekveneerimine, mikrokiip Multipleksi võimalus >10 markerit mitme Potentsiaalselt 1000 SNPd fluorestseeruva värviga kiibil 3. STR markerite iseloomustus (korduste tüübid, alleelide tähistamine, alleelide eristamine). · Dinukleotiid · Trinukleotiid · Tetranukleotiid · Pentanukleotiid · Heksanukleotiid Alleele eristatakse pikkuse alusel ehk mõõdetakse DNA juppide pikkusi. Mida suurem on 2 alleeli pikkuse erinevus, seda väiksem võib lahutustundlikkus olla. Näiteks 1 nukleotiidilise erinevuse nägemiseks peab suurem lahutusvõime olema agaroosgeelil paarinukleotiidilist erinevust ei erista. Kordused->kordusühikud->kordusjärjetused. Kordused võivad ka järjetuse siseselt natuke erineda.
annaabi.ee 
