11.199016.11.1992) Johannes Kert (16.11.199223.01.1996) major Neeme Väli (kohusetäitja, 20.01.19967.04.1997) kolonel Lui Jaanson (kohusetäitja, 7.04.19978.06.1999) Benno Leesik (8.06.199925.03.2006) kolonelleitnant Raivo Lumiste (6.09.2006) Kaitseliidu ülema ülesanded : 1) Kaitseliidu tegevuse juhtimine ja Kaitseliidu esindamine; 2) Kaitseliidu tegevuskava koostamise korraldamine koostöös Kaitsejõudude Peastaabiga; 3) Kaitseliidu sõjalise väljaõppe korraldamine ja järelevalve; 4) Kaitseliidu finantseerimistaotluse koostamine ning esitamine kaitseministrile; 5) Kaitseliidu eelarveliste summade kasutamine keskjuhatuse otsuste kohaselt; 6) relvade, laskemoona ja muu sõjalise varustuse valitsemine; 7) Kaitseliidu struktuuriüksuse sisekorra kinnitamine, kui see ei ole 6 kehtestatudkodukorras; 8) muude keskkogu ja keskjuhatuse otsuste elluviimine.
Kaitseliidu ülema õigusakt on käskkiri. Kaitseväe juhatajal või kaitseväe ülemjuhatajal on õigus Kaitseliidu ülema käskkiri kehtetuks tunnistada. Kaitseliidu ülema juures tegutseb Kaitseliidu Peastaap, mille tööd juhib ülem, kes allub vahetult Kaitseliidu ülemale. Kaitseliidu ülema ülesanded on: 1) Kaitseliidu tegevuse juhtimine ja Kaitseliidu esindamine; 2) Kaitseliidu tegevuskava koostamise korraldamine koostöös Kaitsejõudude Peastaabiga; 3) Kaitseliidu sõjalise väljaõppe korraldamine ja järelevalve; 4) Kaitseliidu finantseerimistaotluse koostamine ning esitamine kaitseministrile; 5) Kaitseliidu eelarveliste summade kasutamine keskjuhatuse otsuste kohaselt; 6) relvade, laskemoona ja muu sõjalise varustuse valitsemine; 7) Kaitseliidu struktuuriüksuse sisekorra kinnitamine, kui see ei ole kehtestatud kodukorras;