1990 reorganiseeriti Arhiiviametiks. 1996 Riigikantselei arhiivide osakonnaks, mis likvideeriti 1999 seoses Rahvusarhiivi loomisega.Sõja järgselt jätkasid tegutsemist riiklikud keskarhiivid: Riigiarhiivist sai ORKA, Riigi Keskarhiivist RAKA. Uue struktuuriüksusena tekkis juurde Parteiajaloo ja Parteiarhiivide süsteem, üleliidulise tsentrumiga Moskvas. Seda juhiti NLKP KK juures asuvast marksismileninismi instituudist. Filiaalideks parteiajaloo instituudid Eestis, mille alla kuulus parteiarhiiv.1944-50 oli ENSV RAKA direktoriks Voldemar Miller.1950. aastatel tehti arhiivides ideoloogilist puhastustööd. Lisaks ebaso- bivate isikute vabastamisele viidi läbi ka makulatuurikampaaniat, II maailmasõja mõjud arhiivinduse arengule tervikuna. · Dokumentide hulga meeletu kasv ja arhiiviväärtusega teabe samaaegne suhteline vähenemine dokumentide koguhulgas 1934...1943 Ameerika Ühendriikide föderaalarhivaalide aastane juurdekasv
Midagi teadlikult sihipäraselt häbitatud ei ole, kõikidele siit ära viidud materjalidele ligi ei pääse. Eesti Vabariigi kaitseväe erinevad sõjaplaanid viidi Venemaa Riiklikusse Sõjaarhiivis tallel. Sõda tõi kaasa selle, et sõja käigus osa arhiivimaterjale hävitati, osa viidi Eestist ära sakslaste poolt, aga mitte väga palju. Oluline oli tollaste arhiivitöötajate taiplik tegutsemine - paigutasid materjalid üle Eesti. 1945. aastal loodi partei dokumentide hoidmiseks eraldi parteiarhiiv. 1948. aastal reorganiseeriti NSS Eesti Riigi Keskarhiiv Oktoobrirevolutsiooni ja Sotsialistliku Ülesehitustöö riilikuks keskarhiiviks (ORKA). Tartu arhiiv muudeti eraldi arhiiviks Eesti NS Ajaloo Riiklik Keskarhiiv (RAKA) - hakati ellu rakendama sellist põhimõtet, et kõik need dokumendid, mis on enne 1917. aastat on RAKA valduses, uuemad dokumendid ORKA-s. Lisaks on oluline see, et maakondades, hiljem rajoonides loodi rajooniarhiivid ning nende arhiivide ülesandeks oli
annaabi.ee 
