mitmete teiste fülogeneetiliste meetodite hulka, mis püüavad välja selgitada, kuidas on toimunud mingite organismirühmade põlvnemine ning kui suur on nendevaheline sugulus. Enamasti on selleks opereerimisühikuks liik ja andmestik on DNA järjestuste kujul (kuid võib olla ka valkudel põhinev analüüs). Nii nagu teistel meetoditel, on ka eelnimetatul omad eelised ja puudused. Miinustele vaatamata on ML üsna laialt kasutatav ning tihti hea alternatiiv teistele meetoditele (näiteks parsimooniale). Suurima tõepära meetod põhineb optimaalsusprintsiibil, mille puhul valitakse mingit kindlat andmestikku kasutades väljatöötatud puude seast parima resultaadiga puu. Selleks, et leida, kui tõepärane on mingi teada oleva järjestuse asetus meie poolt uuritavas fülogeneesipuus, peab lähtuma puu topoloogiast, harude pikkusest, nukleotiidide sagedusest ja transitsiooni ning transversiooni määrast (transitsioon on olukord, kus DNA-s (C<->T,A<->G) ja
rekombinatsioon), kui seda tohib (on võimalik) teha morfoloogia puhul. Kokkuvõttes - molekulaarne andmestik pakub kolossaalse hulga empiirilist andmestikku, mis oma elementaarkujul on võrreldav ja üldistatav üle kogu elusa looduse. Me ei saa kvantitatiivselt võrreldavates terminites kirjeldada osade vertebraatide kopsu ning lülijagsete jala evolutsiooni - samas pole aga mingit raskust võrrelda nende taksonite transport-RNA geenide evolutsiooni. Parsimooniale ja (geneetilisele) kaugusele baseeruvad meetodid on eriti detailselt arendatud välja just molekulaarse andmestiku jaoks. Ja nende arendamine üha kestab, sest nõuded meetoditele ja algoritmidele, mida saab kasutada kiiretel arvutitel, kasvavad samuti suure kiirusega. Seda mitmel põhjusel, kuid juhtivaks on siin väljaselgitatud nukleotiidsete järjestuste hulga - potensiaalse toormaterjali - pidev kiire kasv.
annaabi.ee 
