ühinevad üheks geeniks või üks geen eraldub kaheks. • • Võrdlev genoomika, fülogeneetika – mis eesmärgid? 1. pikad fülogeneetilised distantsid – võrrelda organisme mis on kaua aega tagasi lahknenud 2. vahepealsed distantsid – võrrelda inimest hiirt, bakteri liike omavahel jne. 3. lähedasi liike positiivse valiku korral – nt inimene ja šimpans • • Ortoloogi ja paraloogi mõiste • Ortoloogid on erinevates liikides, pärit samast esivanemast. Paraloogid on tekkinud duplikatsiooni tagajärjel, ühes liigis. • • • Homoloogsete genoomilõikude liikidevaheline võrdlus: etapid, väljakutsed • • Konserveerunud genoomilõigud ja suured nn. ‘homoloogia blokid’ liikide vahel • • Klassikaliste mudelorganismid geneetikas/genoomikas (iseseisev materjali omandamine, sest 03.04 on lihavõttereede ja loengut ei ole) – teada
CupB1 valguga). Cup-geenide ekspressiooni reguleerimine Pseudomonas aeruginosa's. MvaT (H-NS-i analoog P. aeruginosa's) represseerib cup geenide positiivset regulaatorit cgrABC (lokaalsed regulaatorid, siiani kirjeldatud kui teadmata funktsiooniga valgud), lisaks mõjutab positiivselt cupA klastrit Anr (anaerobioosi globaalne regulaator). Lisaks eelnevatele mõjutab cup geenide ekspressiooni Roc (regulaator of cup) kahekomponendiline süsteem. Roc- süsteemil on 2 paraloogi: Roc1 ja Roc2. Roc1 lookus koosneb 3 geenist: RocS1, RocA1 ja RocR-st. Roc2 lookus koosneb kahest geenist: RocS2 ja RocA2-st. RocS1 ja RocS2 on plasmamembraanis asuvad sensorvalgud. RocS1-l on periplasmadomään, RocS2-l seda pole. Mõlemad on võimelised andma signaali edasi RocA1-le, mis on tsütoplasmaatiline. RocA1 aktiveerib cupC ja cupB klastri. RocA2 inaktiveerib mexAB-oprM geenide klastri, mis on vajalikud mitmesuguste antibiootikumide väljapumpamiseks sealhulgas ka -laktaamide
annaabi.ee 
