Arnstadt (17041707) Arnstadtis töötas Bach Uue kiriku organistina. Bachile oli meeltmööda, et Arnstadti organisti amet ei olnud väga keerukas ega aeganõudev, andes seega talle võimaluse tegeleda loomingulise tööga. Tööandjaile ei meeldinud noore Bachi loominguline julgus, samuti ei laabunud tal töö viletsa kirikukooriga. Bach lahkus Arnstadtist, kuna talle heideti ette nii omavolilist puhkusevõtmist kui ka keerulisi ja liiga pikki orelisoolosid, mis kogudust ärritasid. Mühlhausen (alates 1707) Bach töötas ühe aasta Mühlhausenis Blasiuse kiriku organistina. Kahjuks polnud sealsed tingimused kuigivõrd head. 1707. aastal puhkenud tulekahju, milles hävines osa linnast, laostas Mühlhauseni majanduslikult. Kõik see sundis Bachi juba järgmisel aastal töölt lahkuma. Mühlhausenis elades abiellus J.S.Bach Maria Barbara Bachiga. Weimar (17081717)
Varsti tekkisid aga probleemid. Tööandjaile ei meeldinud noore Bachi loominguline julgus. 1705. aastal tegi ta õppereisi Lübeckisse, et kuulata Dietrich Buxtehude orelimängu. Dietrich Buxtehude looming oli paljuski mõjutanud Johann Sebastian Bachi varajast loomingut. Bach viibis Lübeckis lubatud nelja nädala asemel neli kuud. Kui ta hiljem konsistooriumi ette kutsuti, siis heideti talle ette nii omavolilist puhkusevõtmist kui ka keerulisi ja liiga pikki orelisoolosid, mis kogudust ärritasid. Varsti pärast seda Bach Arnstadtist ka lahkus. Mühlhausen (alates 1707) Bach töötas ühe aasta Mühlhausenis Blasiuse kiriku organistina. Kahjuks polnud sealsed tingimused kuigivõrd head. Kiriku orel oli vana ja vajas remonti. 1707. aastal puhkenud tulekahju, milles hävines osa linnast, laostas Mühlhausenit majanduslikult. Kõik see sundis Bachi juba järgmisel aastal töölt lahkuma. Arnstadti-Mühlhauseni perioodi tähtsamateks teosteks on kirikukantaadid