Ta oli Peterburi Teaduste Akadeemia liige, Vene Geograafia Seltsi asutaja,Vene Entomoloogia Ühingu asutajaliige ja Eesti Loodusuurijate Seltsi esimees. Baer on maetud Tartusse Raadi kalmistule. Baeri portree oli ka Eesti kahekroonisel rahatähel. Baeri monument on loodud tema 10. surma-aastapäeva Aleksandr Opekusini poolt. See on silmapaistev saavutus monumentaalplastika alal, see on skulptuuri liik, kus teos asetseb aluse peal. Opekusin kujutab Baeri raugaeas, tugitoolis, avatud raamat põlvedel, mõtlikult pead toetades. Mälestussammas avati 16. novembril 1886. aastal. Mälestussamba püstitamise mõtte algatasid Tartu ülikooli professorid, kes panid aluse ka rahakogumisele. Raha laekus välismaalt, põhiliselt Venemaa suurematest keskustest. Kahe aasta jooksul koguti 22 000 kuldrubla. Samba projekti saamiseks kuulutati välja konkurss, mille võitis A. Opekusin. Kuju on valatud pronksi Peterburis
ka jõekallaste uhutuse sõltuvuse maakera pöörlemisest ja Siberi igikeltsa. Baeri auks on nimetatud seitse geograafilist objekti. 4 Tagasi Tartusse Baer kolis Tartusse elama 1867 aastal, kus tahtsi rahu ja vaikust. Teadustöös tegutses aktiivselt edasi. Ta oli alates 1869 aastast ELUSi president kuni 16.november 1876 aastani, mil ta oma kodus Tartus suri. Tema auks avas skulptor Aleksandr Opekusin aastal 1886 Tartus Raadi surnuaial monumendi, sinna samasse surnuaeda on maetud ka Baer ise. Foto: Karl Ernst von Baeri monument Raadi surnuaial Tartus (http://en.wikipedia.org/wiki/User:RaBOTnik/test/case75) Karl Ernst von Baeri austus Baeri Muuseum See muuseum asub Tartus Veski tn 4.kus Baer elas oma elu viimastel aastatel. Muuseum loodi Maie Remmeli ja teiste bioloogide initsiatiivil, samasse majja on loodud ka Eesti Loodus toimetus