-Andmebaasi loomine, normaliseerimine ja filtreerimine -Statistiline analüüs ja andmetöötlus Mikrokiipide kasutamine meditsiinis: -Haigusseoseliste geenide leidmine - Õige ravikuuri määramine -Ravimite kõrvalmõjude ja vastuse ennustamine -Täpse diagnoosi andmine, sadade eri parameetrite põhjal -Geenikoopiate arv (array CGH) -Uute ravimite sihtmärkide leidmine, ravimite testimis ning avastamis hõlbustamine jpm. Mikrokiipide põhiplatformid: -cDNA kiibid -Lühikeste oligodega kiibid -Pikkade oligodega kiibid Mikrokiipide problemaatilised parameetrid: -Kõrgekvaliteetsete (kliiniliste) proovide (tuumori, kontrollkoed) olemasolu -Kõrgekvaliteetse RNA puhastamine -Eksperimendi ettevalmistus: mida võrrelda millega? -Andmeanalüüs -1: Mida teha andmetega? -2: Kuidas seda teha? -Väga suur hulk andmeid -Tohutud andmefailid -Analüüsi strateegia/algoritmi/programmi valik Eksperimendi ettevalmistamine: 23
analüüsime 2000 geeni reaktsiooni. plussid: odavamad, paidlikumad, võrreldakse paralleelseid proove; miinused: vaja olla 100% kindel, mida kiibile paned, mõõdetakse suhtelist ekspressioonitaset (ekspressioonitasemete vahe). Spotterid e tilgutusnõelad -> tilk klaasile, kus igas augus on järjestus. Kasutamine: SNPd mutatsioonid ekspressioonianalüüs interaktsioon Põhiplatvormid: cDNA kiibid lühikeste oligote kiibid pikkade oligodega kiibid Põhiprobleemid: 9. Koekiibid Organiseeritud kudede prafiinilõigud, koostatud sadadest prooviblokkidest. Metoodikad:IHC, ISH, FISH, HC. Uute antikehade sobivuse testimine, prognostiliste antigeenide leidmine, arengubioloogilised küsimused, võimalused kiirpatoloogilisteks uuringuteks, võimalik edasiarendus rakukiip, kudede omadused muutuvad sügavuti, paljud antikehad ei tööta parafiinilõikudel, ICH on raskesti kvantifitseeritavad.
annaabi.ee 
