Liiduga ühinemisele USA ei tunnusta Balti riikides jõuga toime pandud muutusi. See oli 7 lääneriikide mittetunnustamispoliitika algus Sovietiseerimise käigus kadus võimude lahususe põhimõte tähtsaimaks võimuasutuseks sai kohaliku kompartei keskkomitee, kes liiduvabariigi valitsuse abilnkorraldas Moskvast saabunud juhiste järgi maa sovetiseerimist. Nukuparlamendile jäi vastuvõetud otsuste vormilise kinnitamise roll. Likvideeriti iseseisev kohtuvõim. Käivitus massiivne kommunistlik propaganda Eestit hakati puhastama ,,nõukogudevaenulikest elementidest" vahistati ja saadeti Nõukogude vangilaagritesse või/ja hukati suurem osa eliidist Eesti ei arutanud NSVL nõudmisi ühegi teise riigiga, ei küsinud abi Eesti polnud valmis NSVL sõjaliselt vastu astuma, puudusid vajalikud oskused ja võimekus
ja kultuurielu tasalülitati forsseeritud tempos Nõukogude Liidus kehtivaga. Juba juulikuus oli alanud maaomandi ümberjagamine ja ettevõtete natsionaliseerimine. 1940. a sügisel tuli käibele NSV Liidu rubla. Sovetiseerimise käigus kadus võimude lahususe põhimõte. Tähtsaimaks võimuasutuseks sai kohaliku kompartei keskkomitee (juhiks Karl Säre), kes liiduvabariigi valitsuse abil (juhiks Johannes Lauristin) korraldas Moskvast saabunud juhiste järgi maa sovetiseerimist. Nukuparlamendile (Ülemnõukogu) jäi vastuvõetud otsuste vormilise kinnitamise roll. Likvideeriti iseseisev kohtuvõim. Sama toimus eranditeta ka Lätis ja Leedus. Koos iseseisvusaegsete riiklike struktuuride lammutamise ja ümberkorraldamisega käivitus massiivne kommunistlik propaganda (asutustesse loodi poliittöötajate ja armeesse politruki ametikohad, rajati punanurgad jne.). Eesti sõjavägi reorganiseeriti Punaarmee 22. territoriaalseks laskurkorpuseks ja puhastati