Kohus kestis pool aastat. Galileo kaitseks astusid välja mitte üksnes vabamõtlejad, vaid ka mitmed katoliiklasest õpetlased ja kirikumehed inkvisitsioon oli ühtviisi võimas ja ebapopulaarne. Kuid inkvisitsioon sai oma tahtmise. 1633. aasta 22. juunil anti talle võimaus lahti öelda veendumusest, et Maa liigub. Värisev ja kurnatud Galileo olevat samal ajal, kui sõbrad tribunali ees teda minema kandsid, sosistanud: ,,Eppur si muove!" - ,,Ta liigub siiski!" Inkvisitsiooni kardinalid andsid 6 käsu: ,,Meie issanda, kõige pühama Jeesuse Kristuse, ja tema ema, püha Neitsi Maarja nimel anname teada, et Galileo raamatud on nüüdsest keelatud ja nende autor on määratud vangikongis karistust kandma, kuni meie parem äranägemine ette näeb." ,,Ja kõigest hoolimata jään ma siiski kristlaseks
dialoogi vormis, kus vastaspoolt esindas üpris rumalavõitu tegelane nimega Simplicius (lad. ,,lihtsameelne"), suutsid Galilei vastased paavsti veenda, et tegemist on pilaga tema aadressil. Astronoomile ei tulnud kasuks ka tema haiglane ärrituvus ja oma õiguse sageli taktitundetu tagaajamine. Galileil jätkus enesekindlust ka 1633. aastal toimunud inkvisitsiooniprotsessil. Kuigi teda sunniti vormiliselt oma õpetusest loobuma, kuulutas Galilei saalist väljudes ,,Ta liigub siiski" (Eppur si muove) st. Maa liigub ümber Päikese ja ümber oma telje. Oma elupäevad lõpetas Galilei maapagenduses, kus talle võimaldati siiski oma uurimistööd jätkata. Inkvisitsioonist olulisematki osa etendas nn katoliiklik reformatsioon, uuendusliikumine katoliku kirikus eneses. Katoliku kiriku uuenemisega kaasnes vagadusideaali taassünd. Loodi uusi vaimulikke ordusid: 1528. aastal kaputsiinid (said oma nime teravatipulise kapuutsi järgi), kes