Viirusega nakatatud rakkudes toimub spetsiifiline morfoloogiline destruktsioon ja funktsionaalne patoloogia. Polünukleaarsed hiidrakud (süntsüütiumid) on iseloomulikud paramüksoviirustele. Rakus tekib spetsiifiline TPE. Liituvate rakkude arv ja süntsüütiumide arv sõltub mitmesugustest teguritest nagu infitseerivate virionide arv, valgu süntees, temperatuur ja keskkonna pH. Multinukleaarseid süntsüütiumeid põhjustab hobuste morbilliviirus. Hobuste morbilliviirusinfektsiooni puhul tekib interstinaalne (koldeline) kopsupõletik, mida iseloomustab alveolaarepiteeli kahjustused, kus moodustuvad mitmetuumalised hiidrakud. Inklusioonid Kindla viirusega infitseeritud rakus tekkinud morfoloogilisi muutusi iseloomustab inklusioonide (sulundite) teke. Inklusioone saab uurida mikroskoopiliselt. Sõltuvalt viirusest võivad inklusioonid olla kas intranukleaarsed (tuumas) või intraplasmaatilised
antimikroobse aktiivsusega, sapp ja pankreasenõre, esinevad defensiinid ja antikehad (IgA). Nakatatakse epiteeli ja Peyeri naaste. Rotaviirused ja enteroviirused – happe ja sapi resistentsed. Coronaviirus on küll labiilne, kuid noorloomadel on piim happe suhtes puhvriks. Rotaviiruseid proteaasid ei heiduta – hoopis soodustab nakatamist. Rotaviirus ja coronaviirus põhjustavad tõsiseid haiguseid, kuid entero- ja adenoviirused võivad toimida asümptomaatiliselt. Parvoviirus ja morbilliviirus võivad põhjustada gastrointestinaalseid haigusi, juhul kui nad on vireemiaga sinna kohta levinud. Nahk – madal pH, keratiniseeritus, rasvhapped nahas – kaitse. Lisaks ka Langerhansi rakud (dendriitrakud). Putukahammustuste tõttu saavad ka viirused levida – nt puugid, loomahammustus (marutaud), iatrogeenne – veterinaarse protseduuri tõttu. Suguteede kaudu – herpesviirus, papilloomviirus. Konjunktiviidi kaudu – silmalaugude liikumine, pisarad aitavad puhastada. Adenoviirused ja