RNA, milles lihtsatel retroviirustel on gag, gag-pol või env geenijärjestused. Täispikkusega genoomi transkriptid võivad assambleeruda uuteks virionideks. Kuna viirus käitub raku geenina sõltub tema replikatsioon viiruse DNA metüleerituse astmest ja raku kasvukiirusest, peamiselt aga raku võimest ära tunda LTRregiooni enhancereid ja promootoreid. Raku stimulatsioon vastusena teistele infektsioonidele, tsütokiinide või mitogeenide toimel toodab transkriptsioonifaktoreid, mis seostuvad LTRiga, võivad viiruse transkriptsiooni aktiveerida. Kui viirus kodeerib viiruse onkogeene, võib ta promoda rakukasvu, stimuleerida transkriptsiooni ja seega viiruse replikatsiooni. Raku võime retroviirusgenoomi transkribeerida on koetropismi ja peremeeste spektri teine peamine determinant. HTLV ja HIV on komplekssed retroviirused. HTLV1 kodeerib viiruse replikatsiooni reguleerivaid tax ja rex valke, mis, erinevalt
CD4+ ja CD8+ rakkude suhtenäitaja langus (nagu AIDSi korral) fagotsütaarse aktiivsuse langus komplemendi hulga langus immunoglobuliinide nivoo perifeerses veres on normi piires, vaid sIgA on langenud Tulemuseks on suur rakusiseste infektsioonide ja kasvajate oht. Lastel võib puuduliku või mittetäisväärtusliku toitumise korral täheldada kurgumandlite atroofiat, lümfopeeniat; väheneb T-lümfotsüütide arv ja mitogeenide toimel nende proliferatiivne aktiivsus; neutrofiilide kemotaksis on normaalne, aga bakteritsiidne aktiivsus langenud; immunoglobuliinide tase vereseerumis tavaliselt ei muutu, kuid häirub oluliselt nende süntees (kõige sagedamini täheldatakse sekretoorse IgA taseme langust). Toidu üksikkomponentide puuduse tagajärjel: Fe – madal fagotsütoos ja vähenenud T-rakkude hulk
annaabi.ee 
