olulisemad komponendid A1492 ja A1493 ”flipping-out” ja A-minor interaktsioon koodon-antikoodon miniheeliksiga Interaktsioonid DC-s. 1. Koodoni positsioonis. A-minoor I. A1493 täidab väikese vao kogu ulatuses. A1493 kontakteerub koodoni 1 nt, antikoodoni 3. Nt. See on A-minoor I interaktsioon. A minor I on tundlik k-ak paari geomeetria suhtes. G-U mismatch kaotab H-sideme A1493 ja U1 2’-OH vahel. Mismatchi energeetiline hind 16-40 kJ/mol. 2. Koodoni positsioonis.A1492 täidab poole väikesest vaost. A1492 kontakteerub koodoni teise nt ja antikoodoniga läbi G530-i. See on A minor II interaktsioon. Oluline on ka valgu S12 Ser50. G-u mismatch kaotab A1492 kontakti koodon- antikoodon paariga, selle hinnaks on 15-20 kJ/mol. 3. Koodoni positsioonis. Wobble. 16S rRNA ei interakteeru koodon-antikoodon paariga
Seondumiskohal on lisaks seed regioonist tagapoolt 3’otsa poole lisa järjestus, aga ei pruugi olla miRNAga seondunud. • miRNAde seondumiskohad jagunevad seondumise tugevuse järgi: – Kanoonilisteks kus seondumine on vajalik ainult seed regioonis – 3’kompensatoorsed seondumiskohad kus seed regioonis võib olla nt GU paar ja mittetäielik paardumine, seda kompenseerib tugevam seondumine miRNA tagumises osas. Ehk kompenseerib seed mismatchi. – Täielikult paardunud miRNA seondumiskohad – komplementaarsus kogu miRNA pikkuses. Tavaline taimedes, haruldane loomades, mRNA lõigatakse katki selle tulemusel. • • miRNAde seondumiskohtade ennustamine toimub põhiliselt seed regiooni järjestuse alusel mis peab olema täielikult komplementaarne miRNAga. Lisaks kasutavad algoritmid lisakriteeriume spetsiifilisemaks muutmiseks –
annaabi.ee 
