moodustavad seed regiooni, mis paarduvad komplementaarsuse alusel sihtmärk mRNA 3’UTR-ga ning selle piirkonnaga on määratud mRNAde seondumise spetsiifilisus. Kui seed ja 3’UTR vaheline seondumine on täielikult komplementaarne, toimub mRNA lagundamine, kui aga osaliselt komplementaarne, toimub mRNA translatsiooni inhibeerimine. Seondumiskohal on lisaks seed regioonist tagapoolt 3’otsa poole lisa järjestus, aga ei pruugi olla miRNAga seondunud. • miRNAde seondumiskohad jagunevad seondumise tugevuse järgi: – Kanoonilisteks kus seondumine on vajalik ainult seed regioonis – 3’kompensatoorsed seondumiskohad kus seed regioonis võib olla nt GU paar ja mittetäielik paardumine, seda kompenseerib tugevam seondumine miRNA tagumises osas. Ehk kompenseerib seed mismatchi. – Täielikult paardunud miRNA seondumiskohad – komplementaarsus kogu miRNA pikkuses
sarnased. Hiljutised uuringud näitasid, et kaksikahelalisi siRNAsid ja miRNAsid protsessitakse edasi multivalkkompleksis, mis sisaldab vaid üht RNA ahelat. See RNA-indutseeritud vaigistav kompleks (RISC) lõikab märklaud mRNA, mis on täpselt komplementaarne vastavale üksikahelalisele siRNAle, ahela katki. RISC kompleks funktsioneerib ka kui translatsiooni inhibiitorid. Inimese let-7 miRNA, näiteks, on leitud täiesti let-7 miRNAga komplementaarset sünteetilist märklaud RNAd lagundava RISC kompleksi koosseisust. RISC kompleksil arvatakse olevat 2 funktsiooni : 1) siRNA funktsioon (ehk RNA interferents), 2) miRNA funktsioon, mille tagajärjeks on üksikuid mitte-paardunud nukleotiide sisaldavate märklaud mRNAde translatsiooniline repressioon. RNA interferents arvatakse olevat iidne raku mehanism taimedel ja loomadel, millega rakk kaitseb end teatud viiruste ja mobiilsete geneetiliste elementide vastu
annaabi.ee 
