Vajad kellegagi rääkida?
Küsi julgelt abi LasteAbi
Logi sisse
Sulge

"minimaalkauguste" - 2 õppematerjali

Molekulaarne evolutsioon
58
docx

Molekulaarne evolutsioon

2. Mediaanvõrgu konstrueerimine – iga tunnus jaotab järjestused kaheks teinetest välistavaks hulgaks, kokkusobimatud tunnused tekitavad võrgu. 3. Taandamine – kui tunnuse 1 kaal on oluliselt väiksem kui tunnuse 2 kaal, siis asendatakse tunnus 1 kahe eraldi tunnusega 1a ja 1b. 51. Kuidas konstrueeritakse ühendatud mediaanide võrk (median-joining network)? Arvutatakse kauguste maatriks. Konstrueeritakse minimaalkauguste võrk (MSN) – tehakse minimaalkauguste puu, mis ühendab kõik antud järjestused nii, et ei tuletata lisasõlmi, ei teki tsükleid ja puu kogupikkus on minimaalne. Kõik minimaalkauguste puud, mis antud andmestiku põhjal saab konstrueerida, ühendab minimaalkauguste võrku (MSN). Farrise algoritm lisab minimaalkauguste puu kogupikkuse vähendamiseks puuduvaid mediaanvektoreid. Lõplik ühendatud mediaanide võrk on valimis sisalduvate ja hüpoteetiliste

Bioloogia → Geneetika
27 allalaadimist
Biosüstemaatika teooria ja meetodid
76
pdf

Biosüstemaatika teooria ja meetodid

Ka siin saame tasapinnalise, OTUpunktide rühmadega pildi. Ordinatsioonimeetodeid on teisigi, kuid tänapäevases fülogeneetilises süstemaatikas nad eriti kasutamist ei leia. Vajadusel saab neid hõlpsalt genereerida arvutiprogrammidega NTSYS-pc ja SYSTAT; kasutatavate algorit- mide lühikirjelduse võib leida näit. raamatus G. Dunn & B.S. Everitt, An introduction to mathematical taxonomy. Cambridge University Press, Cam- bridge et al., 1982. 7.4.2.1. Minimaalkauguste puu (minimum spanning tree) on niisugune graaf, milles OTUpunktid (juba olemasoleval, näit. peakoordinaatanalüüsiga saadud tasapinnalisel kujutisel) on omavahel joontega ühendatud vastavalt nende (algsele, mitte kujutisel mõneti moondunud) omavahelistele distantsi- dele (erinevustele). See on tüüpiline matemaatilises topoloogias tuntud rändkaupmehe ülesande lahendus: joontega seotakse OTUpunktid nii, et joonte kogupikkus oleks minimaalne

Bioloogia → Bioloogia
6 allalaadimist


Sellel veebilehel kasutatakse küpsiseid. Kasutamist jätkates nõustute küpsiste ja veebilehe üldtingimustega Nõustun