sügavamates kihtides paiknevaid rakke toitainete ja hapnikuga ning samas tagab ka rakkude elutegevuse käigus vabanevate jääkainete eemaldamise. Seega kaasaegse biofilmi uurimise ajajärk algas alles 1990. aastate alguses. Biofilmi uurimiseks kasutatavad metoodikad. Selleks, et biofilmikatsed oleks erinevates laborites reprodutseeritavad, kasutatakse biofilmi uurimiseks põhiliselt 3 erinevat metoodikat, mis enamasti täiendavad üksteist. 1.Staatilised metoodikad. Nt mikrotiiterplaadi-biofilm mikrotiiterplaadi kannudes olev sööde inokuleeritakse ja plaati inkubeeritakse termostaadis. Biofilmi visualiseerimiseks värvitakse järgneval päeval plaadi kannude seintele moodustunud biofilm kristallvioletiga. Kolooniad tardsöötmel. Tardsöötme pinnale tekkinud struktureeritud bakterikogumikud ehk kolooniad varieeruvad ulatuslikult oma morfoloogialt. Elektronmikroskoobi pildid näitavad muutust kolooniate pinnas, mis tuleneb muutusest maatriksi komponentides.
Allesjäänud rakud jagatakse mikrotiiterplaadile nii, et ühte auku satub 1 rakk. Edasi selekteeritakse antigeenile vastavad antikehi toottvad hübriidrakud, neid paljundatakse rakukultuuri keskkonnas. Nii saab selekteerida enim kloone tootvaid hübriidrakke, spetsiaalse epitoobiga rakke, kõrge afiinsusega antikehi tootvaid rakke, saab välistada ristreaktsioonid. NB sel juhul pärinevad saadud antikehad kõik ühest eellasrakust, st ühes mikrotiiterplaadi augus olevast hübriidrakust. Immuunmeetodeid saab klassifitseerida kahe kategooria alusel. Esiteks ülesehitusprintsiibi alusel, teiseks testid, kus testi täpsuse, inkubatsiooniaja lühendamise, lihtsustamise või parema automatiseerimise saavutamiseks kasutatakse esmaste ülesehtusprintsiipide variante. Tänapäeval on vajalik, et primaarne reaktsioon oleks nähtav, mõõdetav. Primaarseks reaktsiooniks on antikeha ja