Penikeeled on rohkem levinud järve põhjapoolses osas. Suurtaimestikul on oluline osa järve ökosüsteemis. Taimed eritavad fotosünteesil vette hapnikku, aga ka lahustunud mineraal ja orgaanilisi aineid, sealhulgas ensüüme, mis aitavad kaasa lagunemisprotsessidele veekogus. Taimestikul leiavad elupaiga ja kinnitumiskoha paljud mikroorganismid, aga ka algloomad, vähilaadsed, teatud putukaliigid. Ühtlasi pakuvad veealused taimed varju zooplanktonile veekihis elavatele mikroskoopilistele selgrootutele loomakestele , põhjasetetes elavatele väikestele selgrootutele ning kaladele, eriti noorkaladele. Põhjataimestiku olemasolust või puudumisest, samuti selle struktuurist oleneb ökosüsteemi püsivus. Järveloomastik Kalateadlased on selgitanud, et Ülemiste järve ökosüsteemis on paigast ära röövlooma saaklooma suhted: röövkalu on vaid 5% kalastikust. Sel põhjusel ei toimi siin normaalselt
(Al- ja Fe hüdroksiididega) Mille järgi kindlaks teha kõrvalekaldeid veekogu algseisundist, kui algseisundit pole säilinud? *valida fooniveekogud, mis on vähe muutunud, st, millele on inimmõju olnud väike *sette uuringud: põhjasette fosforisisaldus ja ränivetikate säilinud kestad lasevad mineviku tingimuste kohta järeldusi teha Paleolimnoloogia - uurib järvesetteid. Tänu setetes säilivatele mikroskoopilistele organismidele või nende jäänustele, sette keemilisele koostisele on järvesetted looduslikuks arhiiviks, kuhu talletub teave limnoloogiliste, klimaatiliste ja inimtekkeliste protsesside kohta nii järves kui ka valglal Kvaliteediklassid - kõrge (`high') kvaliteedi klass, haarab pinnaveekogusid, millele inimmõju praktiliselt puudub ja kus seetõttu nii elustik kui hüdrokeemilised ja -morfoloogilised näitajad