Puistu suktsessioonilise arengu käigus muutub valitsevaks kuusk, kuid laialehiste liikide osatähtsus võib olla küllaltki suur. Rohurindes domineerivad kõrgekasvulised rohundid, kuid 50 liigiline koosseis on varieeruv. Metsadele on iseloomulik hästi väljakujunenud rindeline struktuur (Paal, 2007). Veel on Meenikunno looduskaitsealal Natura 2000 standardandmebaasi andmetel 362 hektarit siirdesoo- ja rabametsa. Rabametsad on väga olulised metsaelupaigad, kuna moodustavad puhverala raba ja põllumajandusmaastiku vahele. Elupaik erineb siirdesoodest ja rabadest tihedama ja kõrgema puurinde poolest. Siirdesoometsas, mis on rabametsa ja madalsoometsa vaheaste, puurindes kasvavad peamiselt sookask ja mänd. Rabametsas domineerib puuliikidest mänd. Sellele elupaigatüübile on iseloomulik tugeva põõsa- ja puhmarinde esinemine (Paal, 2007). Meenikunno looduskaitsealal asuvad ka mageveekogud. Üks neist on liiva-alade vähetoiteline
röövlinnuliikidele nagu kalakotkas, kaljukotkas, merikotkas ja kassikakk. Lisaks teadaolevatele liikidele on siin olemas sobilikud elupaigad ka must-toonekurele ning väike-konnakotkale, kuigi viimastel aastatel pole nende liikide pesitsemist kaitsealal täheldatud. Siinsetes metsades on inventeeritud olulisi metsaelupaigatüüpe, mis kvalifitseeruvad sageli ka Euroopas väärtustatud elupaikadeks. Lahemaa loodusalasse jäävad loodusdirektiivi metsaelupaigad on vanad loodusmetsad (9010*), vanad laialehised metsad (9020*), rohunditerikkad kuusikud (9050), puiskarjamaad (9070), soostuvad ja soo-lehtmetsad (9080*), rusukallete ja jäärakute metsad e pangametsad (9180*), siirdesoo- ja rabametsad (9080*) ning lammi-lodumetsad (91E0*). Lahemaa piiranguvööndis asuvates majandatavates metsades piiratakse vastavalt kaitse-eesmärgile uuendusraieid ning säilitatakse raiete käigus erinevaid loodusliku mitmekesisuse elemente