TEIL ON VAJA....SÕITA...JOOSTA NEIL ONA VAJA....KIIRUSTADA....MINNA... POODI KUHU? TUBA- MAJA- TUPPA MAJJA LÄHEN...EI LÄHE... SÕIDAN....EI SÕIDA... VESI- JÕGI- VETT JÕKKE KIIRUSTAN....EI KIIRUSTA E JOOKSEN....EI JOOKSE.... MESI- MERI- METT MERR HÜPPAN...EI HÜPA..... E E PANEN....EI PANE PUHAS- SUUR- MUL ON VAJA...PANNA....MINNA..... PUHTA SUURDE SUL ON VAJA....HÜPATA....JOOSTA VÄIKE- ILUS- MEIL ON VAJA.....MINNA...KIIRUSTADA VÄIKESESS ILUSASSE TEIL ON VAJA....SÕITA...PANNA E
terminus ülesvoolu asuva DNA regulaatoralaga. Klass II promootorite puhul soodustatakse avatud kompleksi teket. DNA piirkonnad, kuhu seonduvad regulaatorid, võivad asuda hoopiski väga kummalises kohas. Üldjuhul seonduvad repressorid otse promootorile, kuid mõnikord võib asuda promootori vahealas ka aktivaatori seondumiskoht. Näiteks transposooni Tn501 elavhõbeda resistentsusoperoni mer aktiveerimiseks on regulaatori MerR seondumine operoni promootori vahealasse, mis jääb -35 ja -10 elemendi vahele. Selle promootori vaheala on tavatult pikk 19 20 nukleotiidi ning transkript-siooni initsiatsiooniks on vajalik vaheala väändumine regulaatorvalgu abil. Sellisel juhul -35 ja -10 elemendi vaheala lüheneb ning elemendid positsioneeruvad täpselt RNAP seondumisjärjestustele vajalikule kaugusele. Regulaatori toime sõltub sellest, kas MerR on seondunud elavhõbeda iooniga või mitte
Negatiivset superspiralisatsiooni tekitab näiteks güraas. Positiivse superspiralisatsiooni puhul (seda tekitab näiteks topoisomeraas I) kulub ühe DNA heeliksi täispöörde saavutamiseks vähem aluspaare. Näited: mer operoni (Hg resistentsus) ja Mu faagi mom geeni (faagi DNA modifikatsioon) promootori regulatsioonil mõjutab DNA lokaalset superspiralisatsiooni spetsiifiline regulaatorvalk. Mõlema promootori heksameeride vaheala on 19 bp pikkune. Hg(II) - MerR kompleks seondub vahealale ja põhjustab DNA ahelate lokaalset lahtikeerdumist, mis võimaldab -10 ja -35 heksameeride asetumist õige 8 nurga alla. Sarnane mehhanism on kirjeldatud ka MuC valgu seondumisel mom promootori 28 kuni 57 regiooni. recA promootoril on heksameeride vaheline ala 16 bp pikkune. Promootori maksimaalne aktiivsus on saavutatud siis, kui heeliks on tihedamalt kokku keeratud. Näit