Töö nr 6: Rekombinantse DNA järestuse bioinformaatiline analüüs (teostatakse auditooriumis/arvutiruumis või iseseisvalt) (1) Saadud DNA järjestuse editeerimine, vastavalt saadud elektroforegrammile, kasutades programme MS Word, DNAMAN, Chromas, jt. plasmiidii osa lahutamine. (2) DNA järjestuse võrdlemine andmepankades olevate tuntud järjestustega kasutades BLASTN, MEGABLAST, BLAST 2 sequences jt programme (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) (3) "CpG island"i identifitseerimine inimese kromosoomis (BLAT programm, http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) 109 nukleotiidi CCGCGGGTCGGCGGGGAGGTTGGGCCCAGGGATAAAAGAACTGGGGCTGGTGGGGGGGA GGGGTTCCCGGCCTAGGGGAAGGGCTATGACAATGGAATGACAACCGCGG Homo sapiens chromosome 15 genomic scaffold, alternate assembly CHM1_1.0 Sequence ID: ref|NW_004078084
lahust? On vaja pipeteerida 8µl 0,5M EDTA lahust. 13 Töö nr 6: Rekombinantse DNA järestuse bioinformaatiline analüüs (teostatakse auditooriumis/arvutiruumis või iseseisvalt) (1) Saadud DNA järjestuse editeerimine, vastavalt saadud elektroforegrammile, kasutades programme MS Word, DNAMAN, Chromas, jt. plasmiidii osa lahutamine. (2) DNA järjestuse võrdlemine andmepankades olevate tuntud järjestustega kasutades BLASTN, MEGABLAST, BLAST 2 sequences jt programme (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) (3) "CpG island"i identifitseerimine inimese kromosoomis (BLAT programm, http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) Proov nr.8. CTGAATGGGGGCCCCCCCCCTCAGGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGGATATCGAATTCC TGCAGCCCGGGGGATCCACTAGATTTAGAGCGGCCGCCACCGCGGCAGGCCGACGGCCCC ACGGAGGGACATTGAAGGGGAAGTGGAGGAGAAGAGCAGGGGCGACCCGGAGGGGTGGC TGGGCCGGGGCGGGCAAGACAGTCTCAGGGCCCGGCAGCCGCCCGGGGTTGGCTAATTTCT
annaabi.ee 
