transformed into a tree by fitch, kitsch or neighbor program. Programs dnadist and protdist create a file "outfile". Before running fitch, kitsch ot neighbor, "outfile" should be renamed, either as "infile" ot with another file name. Fitch, kitsch and neighbor programs create both "outfile" and "outtree". dnadist -DNA distance matrix calculation protdist -Protein distance matrix calculation fitch -Fitch-Margoliash tree drawing method without molecular clock kitsch -Fitch-Margoliash tree drawing method with molecular clock neighbor -Neighbor-Joining and UPGMA tree drawing method Character based methods These programs read in the sequence alignment, and produce either one or multiple trees in the output files "outfile" and "outtree". dnapars -DNA parsimony dnapenny -DNA parsimony using branch-and-bound dnaml -DNA maximum likelihood without molecular clock dnamlk -DNA maximum likelihood with molecular clock protpars -Protein parsimony proml -Protein maximum likelihood
Naabrid on kaks OTUt mis on juurimata dihhotoomsel puul ühendatud üheainsa sisemise sõlme kaudu. Alustustatakse tähekujulisest puust. Kõiki OTUde paare vaadeldakse võimalike naabritena ning naabriteks valitakse paar, mille korral puu kogupikkus on kõige väiksem. Samamoodi leitakse järgmised naabrid kuni puu on lahendatud ja kõik harude pikkused teada. 32. Kuidas hindab puu harude pikkusi kaalumata paaride meetod aritmeetilise keskmisega (UPGMA) ja kuidas Fitch- Margoliash´i meetod? UPGMA meetodi puhul haru pikkus = järjestuste geneetilise kauguse aritmeetiline keskmine. Kui evolutsiooni kiirus on konstantne, saadakse õiged pikkushinnangud, kui aga ei ole, saadakse valed. FT meetodi korral on kolme järjestuse puul harude pikkused üheselt määratud. Rohkem kui kolme järjestuse korral leitakse servade pikkused ühendtaksonite vahendusel. 33. Iseloomustage vähimruutude (least squares) meetodit.
annaabi.ee 
