näiteks kõret ehk juttselg-kärnkonna looduslike elupaikade ning loodusliku loomastiku ja taimestiku kaitse kohta I lisas nimetatud elupaigatüüpide - veealuste liivamadalate (1110), liivaste ja mudaste pagurandade (1140), rannikulõugaste (1150*), laiade madalate lahtede (1160), püsitaimestuga kivirandade (1220), väikesaarte ning laidude (1620), rannaniitude (1630*), hallide luidete (2130*), metsastunud luidete (2180), luidetevaheliste niiskete nõgude (2190), huumustoiteliste järvede ja järvikute (3160), jõgede ja ojade (3260), sinihelmikakoosluste (6410), niiskuslembeste kõrgrohustute (6430), puisniitude (6530*), looduslikus seisundis rabade (7110*), rikutud, kuid taastumisvõimeliste rabade (7120), siirde- ja õõtsiksoode (7140), allikate ja allikasoode (7160), liivakivipaljandite (8220), vanade loodusmetsade (9010*), vanade laialehiste metsade (9020*), rohunditerikaste kuusikute (9050), soostuvate ja soolehtmetsade
500m kagu pool asub Korponi järv (0,6ha) ning lõunas on Puhatu järv ühendatud kanaliga Martiska järvega (6,3ha). Soostiku lõunaosas, Agusalu küla lähedal paiknevad Agusalu järved, mis on raskesti ligipääsetavad, sest neid ümbritsevad õõtsikud ning koprad on asustanud iga kraavi ja oja oma paisudega on nad niigi märjad alad muutnud veelgi vesisemaks. [], [] Agusalu sood Paikneb Puhatu soostiku lõunaosas. Ta on tekkinud Ürg-Peipsi järve luidetevaheliste järvealade ning osaliselt ka mineraalmaa soostumisel. Osaliselt on säilinud sealsetel aladel ka mõned jäänukjärved. Valdavalt levivad Agusalu soodes rabad ja siirdesood, kuid vähesemal määral leidub seal ka madalsoid Rabarind on seal väljakujunemata ning ei esine seal laukaid. Sood vahelduvad seal kirde-edelasuunaliste liivseljandikega ehk kriivadega. Lagedaid väikerabasid piiravad Agusalu soodes sageli siirdesoolised alad või raskesti läbitavad väga