1688.a. 23.märtsil puhkeb Haapsalu lossis tulekahju,hävib täielikult lossi keskosa ruumid,Väike linnus muutub varemeiks.1710.a.alistub loss vastupanuta Vene kindralile,puhkeb ka linnas katkuepideemia ja linn jääb inimtühjaks. Linnas on alla 100 elaniku. 1715.a. külastab lossi imperaator Peeter I, tema käsul muudetakse vallikindlused kasutamiskõlbmatuks. Ning nüüd kaotab Haapsalu loss lõplikult oma sõjalise tähtsuse.Linnuse varemeid hakati 19.sajandil kujundama romantiliseks lossipargiks. 19.sajandist kuni 70. aastateni kestis lossivaremete lagunemine ilmastikutoimel ja inimesed lammutasid ka teda kogu aeg. 1886 algas kiriku restaureerimine.1889.a. peeti kirikus esimene jumalateenistus. 1940 suleti kirik.1971.a. Hakati teda uuesti restaureerima ja avati juba 1990.a kus siis peeti esimene jumalateenistus. Lossivaremeid aga kasutati seltskondade pildistamisel ja park muutus kõikide armastatud puhkepaigaks. VALGE DAAMI LEGEND
1688. puhkes linnuses tulekahju, milles hävis muuhulgas kiriku vaskplekist katus. Kirik suudeti taas korda seada ja jumalateenistusi sai edasi pidada. 1726. aasta tormis hävis kiriku katus uuesti. Riik ei olnud huvitatud sõjalise tähtsuse kaotanud ja elamiseks kõlbmatuks muutunud linnuse kiriku katuse taastamisest, väikeseks jäänud kogudus omal jõul ja kulul seda teha ei suutnud. Kogudus kolis linnakirikusse (Jaani kirik). Linnuse varemeid hakati 19. sajandil kujundama romantiliseks lossipargiks. 1886 algas kiriku restaureerimine, mille käigus sai hoone mõnevõrra uue ilme. 1889.a. peeti kirikus esimene jumalateenistus ja pühitseti see Püha Nikolausele. Nõukogude okupatsiooni ajal 1940.a. suleti kirik jumalateenistusteks. 1944 rüüstati kirikut mitmel korral. Segaste aegade tõttu jäi kirik uuesti lagunema ning seisis aastaid tühjana. Mõni aeg kasutati pühakoda viljalaona, vahepeal plaanitseti sinna isegi ujula rajamist. 1971. aastal alustati kiriku restaureerimist