Vitalismi pooldajad kaitsesid oma seisukohti, väites, et uurea on organismi heitprodukt. Järgnevatel aastatel sünteesisid keemikuid aga uusi orgaanilisi ühendeid: rasva (M.Berthelot, 1854.a.), äädikhapet (H.Kolbe ja E.Frankland, 1848.a.), suhkrut (A.Butlerov, 1861.a.). 1842. aastal sünteesis nitrobenseenist aniliini N.Zinin ja sellest tulenevalt sai 1856. aastal inglise teadlane W.Perkin esimese aniliinvärvaine. Varem saadi riidevärve ainult eksootilistest taimedest või isegi loomorganismidest. Punast alisariini saadi värvipunapuu juurtest ja punast purpurit purpurtigudest, kuid nüüd oli võimalik värvainet saada ka ilma taimse või loomse tooraineta. Vitalism kaotas sellega lõplikult oma mõju. Orgaanilise keemia otsustavaks läbimurdeks oli orgaaniliste ühendite struktuuriteooria, mille alused lõi vene keemik A.Butlerov, kes 1861. aastal esines sellekohase ettekandega saksa loodusteadlaste ja arstide konverentsil. Teooria loomisel arvestas A.Butlerov, et: süsinik
täiskasvanud rakus on tsütoplasma koos organellidega hävinenud. Korgikihis puuduvad poorid ja seetõttu ei saa vesi ega gaasid seda läbida. Selleks, et tüve sisemuses paiknevatel kudedel säiliks gaasivahetus, moodustuvad korkkoesse spetsiaalsed avad lõved. Need asendavad õhulõhesid. Lisaks korgile areneb ka teine kaitsev kiht korp. see koosneb surnud rakkudest, mis järk-järgult pinnalt tükkidena lahti tulevad. Trantsportfunktsioon: Erinevalt loomorganismidest puudub taimedel vereringe. Seda asendab juhtkude. Selle osad - trahheed ja trahheiidid on moodustunud rakukestadest. Omavahel ühinenud juhtkoe rakkude otsmised kestad lagunevad ja nii tekivad pikad torujad moodustised. Koos tugikoe rakkudega moodustunud juhtkimpude võrgustik ühendab taime kõiki organeid ja soodustab nendevahelist liikumist. Taimeraku kesta põhiline koostisosa on tselluloos. Noore taimeraku kest on küllalt suure veesisaldusega, suhteliselt õhuke ja elastne