Limused – kiil-labatigu, harilik keeristigu, manteltigu, järve ematigu, punntigu, ribitigu, mudatibu, suur sootigu, koonujas sulgtigu, õhuke lametigu, harilik labatigu. Karbid Umbes 1850.a Eestisse sattunud rändkarp on praegu Peipsi järves väga massiline. Teda esineb ka mõnedes teistes järvedes. Paljudes siseveekogudes moodustavad karbid suurema osa põhjaloomastiku biomassist. (rändkarp, suur järvekarp, kiiljas jõekarp) Lülijalgsed Vesikirbulised etendavad tähtsat osa loomhõljumis ning kalade toidus Aerjalalised moodustavad loomhõljumi ühe komponendi ning nad on tähtsad kalatoiduna. Lõpushännaline – kaladel nugiv, magevetes tavaline Kakandiline – vesikakand Kirpvähilised – paljudes järvedes esineb arvukalt järve kirpvähki Kümnejalalised – jõevähk, oli veel sajandi lõpul Eesti jõgedes ja järvedes väga tavaline ja arvukas. Praeguseks on ta levila tunduvalt ahenenud ja arvukus langenud.
Hoovusi põhjustab peamiselt tuul, märgata on neid eriti Lämmijärves. Vee temperatuur on suvel pinnakihis ranna lähedal kuni 26, avajärvel kuni 22 °C; temperatuuri ja hapniku kihistumine on vähene, hapnikuolud aasta ringi head. Jääkate püsib harilikult detsembrist aprilli lõpuni, jää paksus on 50–60 cm. Peipsi planktonis on rohkesti eutroofsetele veekogudele omaseid liike. Taimhõljum on liigirikas (ligi 800 liiki) ja tema biomass oli 1970. aastateni suur (kuni 90,7 g/m3). Loomhõljumis on umbes 145 liiki, esindatud on keriloomad, vesikirbulised, aerjalalised ja limused. Põhjaloomi on umbes 360 liiki, ülekaalus on surusääsklaste vastsed, väheharjasussid ja limused. Põhjaloomade keskmine hulk (ilma suurte karpideta) on 2637 isendit 1 m2 kohta. 1930. aastail Peipsisse sattunud rändkarp on praegu väga arvukas. Suuri karpe on loendatud 179 isendit 1 m2 kohta, enamik neist on rändkarbid. Suurtaimestikus on täheldatud 120 liiki.