Natura 2000 seiret viiakse läbi paljude erinevate teadusasutuste ja spetsialistide poolt. (http://www.soo.ee/pub/Janeda_2005-11-05_Zingel.pdf) 9 Alamprogramm "Madalsoode ja rabade linnustik" Programm hõlmab 10 raba ja 6 madalsood. Seiresammu kestvus on 3 aastat (Männikjärve ja Nigula rabas üks aasta). Metoodika: Soode haudelinnustik loendatakse ühekordsel kaardistusmeetodil. Loendusriba laiusega 200 meetrit (100 + 100). Väljund: soode haudelinnustiku liigilise koosseisu, üldarvukuse ja asustustiheduse dünaamika ning muutuste trendid. Madalsoode ja rabade haudelinnustiku püsiseirealad asuvad Nigula, Männikjärve ja Marimetsa rabas. Erinevate aastatel võivad vaatlusaladena lisanduda ka teised rabad. Välitööd teostatakse mais ja juunis. Soode haudelinnustiku loendamiseks kasutatakse kindla
Vastavalt olukorrale loendatakse isendeid, nende jälgi või mõlemaid. Marsuutloendus: võib loendada isendeid, jälgi, ekskremente jms. Erinevad meetodid: jälgede loendus marsruudil(väikeulukid, vahel suurulukid.) on töömahukas ja ebatäpne kuid vahel ainus variant, kanaliste marsuutloendus (loendajad keda on 1-3 märgivad üles kõik kokkuleppelise laiusega loendusribal lendu tõusnud kanalised), ulukikolmnurgad (riistakolmio soome keeles. Loendusriba on võrdkülgse kolmnuga kujuline, 1 külg 4km, kokku seega 12km. Marsruut läbitakse 2x aastas.), hirvlaste talviste ekskrementide loendus. Kvartalloendus ainult lumikattega perioodil. Loenduse esimeseks päevaks sobib päev pärast lumesaju lõppu, kui ööpäeva jooksul on lisandunud jälgi on võimalik eristada vanematest jälgedest. Avioloendus sisuliselt marsuutloendus, teostatakse lennukilt.