Ta ühines Prantsuse Vastupanuliikumisega ja oli üldiselt natsidest puutumatu, kes lubasid tal jätkata oma tööd ilma suurema vahelesekkumiseta. Küll aga oli Arthur sõjast rusutud, depressioonis. Sõja alguse ja oma surma vahel kirjutas ta viimased neli sümfooniat (numbrid 2 kuni 5), mis kuuluvad ühtede kõige jõulisemate 20. sajandi sümfooniate hulka. Nendest teine, mis sisaldab soolo trompetit mängimas Johann Sebastian Bachi koraal tooni ja kolmas alapealkirjaga ,,Symphonie Liturgique" on tõenäoliselt kõige tuntumad. Kirjutatud 1946 aastal, kohe pärast sõda, võib sellel paralleele leida Benjamin Britten'i teosega ,,Sinfonia da Requiem". Täiesti 3 erinev on aga tema lüüriline ja nostalgiline neljas sümfoonia, alapealkirjaga ,,Deliciae Basilienses" ehk ,,Baseli Naudingud", mis on kirjutatud selle Sveitsi linna auks.
juubeli tähistamiseks.Teine sümfoonia (1936-1941) keelpilliorkestrile trompetiga ad libitum (trompetiga codas). See II maailmasõja ajal loodud teos sai nimeks "Vastupanuliikumise sümfoonia". Muusika kõlab süngelt ning kujutab traagilisi sõjasündmusi. Keskmise osa alguses ja lõpus kuuleme passacaglia-variatsioone. Finaali codas kõlab uus hümnilaadne teema, mida kontrapunktiliselt ümbritsevad sümfoonia ülejäänud teemad.Kolmas sümfoonia Liturgique (Liturgiline, 1946) on pühendatud dirigent Charles Munch'ile. Neljas sümfoonia Deliciae Basilienses (Baseli lõbustused, 1946) on loodud Baseli linna kammerorkestri ja selle dirigendi Paul Sacheri 20. koostööaastapäevaks. Viies sümfoonia Di tre re (1950) on taas traagilise alatooniga teos, mis valmis külma sõja ajal. Honeggeril tekkis sümfooniazanrist väga selge ettekujutus.Ta rõhutas, et näeb oma sümfooniaid kolmeosaliste tsüklitena, mille kokkuvõtvaks osaks on finaal
annaabi.ee 
