Sigmafaktor koos RNA polümeraasiga seostub järjestusspetsiifiliselt DNA-ga – tekib suletud kompleks. Järgneb konformatsiooniline muutus, tekib avatud kompleks ja transkriptsioonisild. Kui sünteesitakse vähem kui 10 nukleotiidiline RNA (lühikesi RNA juppe), kaasneb väga suur konformatsiooniline muutus RNA polümeraasis. - promootori puhastamine – kui initsiatsioon läheb üle elongatsiooniks. - RNA polümeraas seondub DNA promootorpiirkonnaga koos lisafaktoritega, mis ahela pikendamisel ei osale. trans faktorid. Need on transkriptsiooni aktiveerivad faktorid – TAF (eukarüootsetes) organismides). - Lisafaktorid osalevad promootori äratundmises ja aitavad RNAP seonduda „õige“ DNA piirkonnaga. - RNA sünteesi lõpetamine toimub prokarüootides terminatsioonifaktorite abil – rho-sõltuv (pööratud kordusjärjestused, 20 järjestust, milles 8 AT paari, GC paarid on tugevamad) terminatsioon või ilma nendeta.
Promootorid on kindla järjestusega DNA lõigud (vt. allpool). Lisaks promootoritele on ka teisi DNA järjestuse elemente, mis suunavad transkriptsiooni alustamist. DNA järjestuse 36 elemente, mis osalevad samal DNA molekulil transkriptsiooni initsiatsioonil, kutsutakse cis järjestusteks või cis elementideks. RNAP seondub DNA promootorpiirkonnaga koos lisafaktoritega, mis hilisemal ahela pikendamisel (elongatsioonil) ei osale. Selliseid lisafaktoreid tuntakse trans faktorite nime all. Eriti palju on RNAP'ga seonduvaid trans faktoreid eukarüootsetes organismides, kus transkriptsiooni aktiveerivad faktorid (lühend TAF) on määrava tähtsusega transkriptsiooni alustamisel. Lisafaktorid osalevad promootori äratundises ja aitavad RNAP'il seonduda "õige" DNA piirkonnaga. Ka RNA ahela pikendamisel
annaabi.ee 
