Hindamise käigus selgitatakse välja, ega plaanitav tegevus kahjusta neid elupaigatüüpe ja liikide elupaiku, mille kaitseks ala on valitud. See käiib ka Natura-alade naabruses planeeritavate tegevuste kohta. Kui maaüksus jääb aga Natura-alasse, on võimalik tulevikus saada toetusi EL-st loodusväärtuste säilimiseks vajaminevate hooldustööde tegemiseks või ka kompensatsioone millegi tegemata jätmise eest. 2012. aastal koosneb Eesti Natura 2000 võrgustik - 66 linnualast, kogupindalaga 12 590 km2 ja - 542 loodusalast, kogupindalaga 11 490 km2. Kuna linnu- ja loodusalad suures osas kattuvad, siis on Eesti Natura 2000 võrgustiku kogupindala 14 750 km2. Pisut alla poole Natura aladest asub meres ja Eesti maismaa territooriumist on Natura 2000 aladega kaetud 16,5 %. Mereelupaikade täiendavaks kaitseks moodustati Gretagrundi hoiuala, pindalaga 14650 ha. Toetused Peatamaks looduskaitseliselt üliväärtuslike poollooduslike koosluste kadumist on riik alates 2001
rääkimata selle omaksvõtust. Kolmanda eesmärgiga, geneetiliste ressursside kasutamisest tekkiva kasumi ausa ja tasakaaluka jaotamisega Eestis praktiliselt ei tegeleta. Esimese eesmärgi suhtes on toimuv edumeelne. 2003. aastal oli Eestis kaitse all 10,7% maismaast. Üle-euroopalise looduskaitselise võrgustiku Natura 2000 moodustamisega suurenes kaitse all oleva maismaa osakaal 16%-ni. Natura 2000 võrgustik koosneb Eestis 66 linnualast ja 509 loodusalast, mis võivad osaliselt või täielikult kattuda. Seisuga 1. jaanuar 2008 on Eestis 129 looduskaitseala,149 maastikukaitseala, 117 uuendamata eeskirjadega kaitseala, 343 hoiuala. Praegu on Eestis kaitse all 570 liiki. Neist I ehk kõige 6 rangemasse kaitsekategooriasse kuulub 35 taimeliiki, 18 loomaliiki, 9 seeneliiki ja 1 samblikuliik. II kaitsekategooria on 262 ja III kaitsekategooria liike 244. 2004. aasta
annaabi.ee 
