Tõenäoliselt oli enne kloostri rajamist samas paigas ka väiksem kirik või kabel. Vana kiriku kooriosa vundamendi säilmeid võib näha Jaani kiriku altariruumi all. Frantsisklaste klooster püsis Viljandis sadakond aastat. Klooster hävis Liivi sõjas. Poola-Rootsi vaheliste sõdade järel asusid poolakad küll kirikut korrastama, kuid ei jõudnud tööga eriti kaugele. Seejärel (1622) läks Viljandi Rootsi kuninga võimu alla ning hoone rekonstrueeriti linnakirikuks. Edasiste aegade jooksul on kirik sõdade käigus korduvalt purustatud ja loodusjõudude läbi kannatanud. Praeguse ilme on Jaani kirik saanud endale 1815. aastal. Kirik on seotud Viljandi kultuuriloos ühe väga olulise sündmusega. Nimelt esines seal uue oreli pühitsemisel 1844. aastal Martin Wilbergi koor Põltsamaalt. See oli ühtlasi esimene eestikeelne koorikontsert Viljandis. · Pauluse kirik XIX sajandi keskpaigaks oli Jaani kirik lootusetult kitsaks jäänud
Anu Raua kootud seinavaibad. Oreli kinkis kirikule Viljandi sõpruslinn Ahrensburg. (kindlasti vaadata mitu toru orelil!!!!!!!!!!!!!!) · Tõenäoliselt oli enne kloostri rajamist samas paigas ka väiksem kirik või kabel. Klooster hävis Liivi sõjas. · Poola-Rootsi vaheliste sõdade järel asusid poolakad küll kirikut korrastama, kuid ei jõudnud tööga eriti kaugele. Seejärel (1622) läks Viljandi Rootsi kuninga võimu alla ning hoone rekonstrueeriti linnakirikuks. Edasiste aegade jooksul on kirik sõdade käigus korduvalt purustatud ja loodusjõudude läbi kannatanud. Praeguse ilme on Jaani kirik saanud endale 1815. aastal. Viljandi Pauluse kirik. · 19. sajandi keskel on Viljandis üksnes Jaani kirik, mis teenindas nii linna- kui ka maarahvast. Linna kasvades kippus aga üksainus kirik kitsaks jääma. Viljandi mõisnik parun Ungern-Stenberg andis maakogudusele uue kiriku ehitamiseks
annaabi.ee 
