Püsivat hoovuste süsteemi järves ei ole. Järv on jäätunud keskmiselt 135 päeva aastas, novembri lõpust aprilli lõpuni. Vee kvaliteet Võrtsjärv on rohkelt toitaineid sisaldav järv. Järve reostavad väetisained (lämmastik ja fosfor) pärinevad ümbritsevatelt põldudelt ning valgala piiresse jäävate linnade (Valga, Viljandi, Tõrva) ja väiksemate asulate reoveest. Seetõttu on viimastel aastatel järvekallastel roostik kiirelt laienenud ja elustiku liigilisuse mitmekesisus vähenenud. Võrtsjärve vee soolsus 0. Vesi on sogane, kollakasroheline või rohekaskollane, läbipaistvusega 1 m ringis. Vetikate seas on valdavad sinivetikad. Sogasust suurendab ka lainetuse poolt põhjast ülestõstetud 4 muda. Elustik- taimed, loomad Võrtsjärve ääres pesitseb palju linde ning järv on tähtis peatuspaik ka rändlindudele.
6 Taimestiku kujunemine Taimestik kujutab endast mingis piirkonnas kasvavate taimede kogumit. Eesti taimestik sai arenema hakata alles pärast mandrijää taandumist ja sulamist. Nii nagu kõrgemad taimed, sai vetikastik hakata kujunema samuti 13 000–12 000 aastat tagasi. Veelgi varasemad vetikad (enne viimast jääaega) on olnud põlevkivi moodustajaid. Kõrgematest taimedest on praegu Eestis esindatud 113 sugukonda. Liigirikkaim on taimestik Lääne-Eestis, liigivaeseim Ida-Eestis. Liigilisuse „rekord” kuulub Laelatu puisniidule, kust on ühelt ruutmeetrilt loendatud 76 liiki soontaimi (2001. aastal). Floristilise liigestuse alusel kuulub Eesti holarktilise taimestikuriikkonna boreaalse allriikkonna Euro-Siberi regiooni. Sellele regioonile on iseloomulikud laiade lääne–ida suunas venitunud areaalidega, põhiliselt Euro-Siberi, vähemal määral tsirkumboreaalsed (holarktilised) Euroopa ja Euraasia taimeliigid.