1901. aastal kolis Mahler uude villasse Maierniggi järve äärde. 1902. aasta 9. märtsil abiellus ta Alma Schindleriga (kes sündis 1879. aastal ja suri 1964. aastal), kes oli temast 20 aastat noorem ning tuntud Viini kunstniku Carl Molli kasutütar. Alma oli muusik ja helilooja, kuid Mahler keelas tal sekkuda loomingulisse töösse kuigi Alma tegi käsitsi puhtaid koopiaid tema käsikirjas lugudest. Mahler suhtles elavalt ka teiste naistega nagu näiteks viiuldaja Natalie Bauer Lechneriga, kes oli temast kaks aastat vanem ning kellega ta oli kohtunud siis, kui ta õppis Viinis. Alma ja Gustav said kaks tütart, Anna Maria, kes suri nelja aastaselt difteeriasse ning Anna Jutine, kellest sai skulptor. Esimese tütre surm mõjus Mahlerile väga rängalt ning samal aastal diagnoositi tal ka südamehaigus (nakkuslik endokartiit) ja ta oli sunnitud piirama oma liikumist ning kasutama sammuloendurit. Ooperimajas viis tema sihikindlus kunsti
loomingu jaoks aega ainult suvel. 1901. aastal kolis Mahler uude villasse Maierniggi järve äärde. 1902. aasta 9. märtsil abiellus ta Alma Schindleriga, kes oli temast 20 aastat noorem ning tuntud Viini kunstniku Carl Molli kasutütar. Alma oli muusik ja helilooja, kuid Mahler keelas tal sekkuda loomingulisse töösse kuigi Alma tegi käsitsi puhtaid koopiaid tema käsikirjas lugudest. Mahler suhtles elavalt ka teiste naistega nagu näiteks viiuldaja Natalie Bauer-Lechneriga, kellega ta oli kohtunud Viinis õppides. Alma ja Gustav said kaks tütart, Anna Maria, kes suri nelja aastaselt difteeriasse ning Anna Jutine, kellest sai skulptor. Esimese tütre surm mõjus Mahlerile väga rängalt ning samal aastal diagnoositi tal ka südamehaigus ja ta oli sunnitud piirama oma liikumist. Ooperimajas viis tema sihikindlus kunstiküsimustes selleni, et ta tekitas endale vaenlasi ning ka ajakirjandus ei suhtunud temasse hästi. Ta lahkus ooperist ootamatult 1907. aastal.