Soo laienemise vältimiseks on 20 saj. algul lagesoo ja metsa piirile kaevatud kraavid, kus vesi suundub Purtse-, Taga ja Pungerja jõkke. [] [] Soostiku lõunapoolses osas valdab puis- ja laukaraba, põhjaosas on ülekaalus lodualad ning vesised lagerabad. Piirkonna keskosas, äravooluta nõgusal alal laiuvad ulatuslikud märed. [] Veestik Muraka soostiku vetevõrk koosneb avaveelises osas paljudest üksiklaugastest ja laugastikest. Laugaste suurim läbimõõt on kuni 400 meetrit, enamik jääb siiski 2040 m vahemikku, sügavus küünib 13 meetrini. Laugastikest on suurimad Pardilaukad, Ilusa ning Iissaare laukad. Muraka soostik toitub ka sademetest ja moreeniveest. Eesvooluks on Tagajõgi, Roostoja, Mäetaguse ja Ojamaa jõgi. Rohked märealad on suurema või väiksema läbivooluga veevoolusooned, kus kohati valgub vesi laiali mööda soopinda, teisal koondub jälle ojadeks, mille sügavus ja laius on 0,5 1,5m
Kõige vesisemad on sood aprillis lume sulamise ajal. Sügisene maksimaalne veeseis esineb oktoobris-novembris, mil auramine on väike, sademed aga intensiivsed ja kestvad. Tavaliselt on sügisene maksimaalne veeseis kevadisest siiski väiksem. Mais-juunis langeb veetase auramise ja äravoolu mõjul kiiresti, mistõttu juulis-augustis saabub vee taseme suvine miinimum. Paljud kevadised ojad nirisevad vaevaliselt või kuivavad hoopiski. Ainult rabade keskelt laugastikest algavates ojades püsib küllalt ühtlane veevool. Soodel, eriti rabalaugastel on positiivne mõju jõgede toitumisele. Äravoolu suurendamine kuivadel perioodidel on kasulik. Rabad on meil omapärased veemahutid, milles vee tase raba keskel on 4-5 ja vahel isegi 7-8 m kõrgemal kui rabaga piirneval mineraalmaal. Vesi püsib raba keskel selles mahutis vähese langu ja aeglase voolamise tõttu, äärealadel osaliselt ka vettpidavama ja enam lagunenud turba arvel.