● Kromosoomid töödeldakse trüpsiiniga, mis lõhub histoonid ja siis värvitakse Giemsa värviga (metüleensinine, eosiin ja ažuur B) ● Giemsa värv seondub DNA fosfaatrühmadega ● Esile tulevad mittetranskribeerivad alad ● Kasutatkse karüotüübi analüüsiks. Saadud korrastatud pilt on karüogramm. FISH: fluorestsentsi in situ hübridiseerimine ● Kasutatakse üheahelaliste DNA proovide hübridiseerimist metafaasi kromosoomsele DNA-le ● Proov seondub ainult sinna, kus on tema järjestusele vastav komplementaarne DNA järjestus metafaasi kromosoomis ● Proovid on märgistatud fluorokroomidega ja seda on võimalik vaadelda fluorestsentsi mikrosoobis ● Kasutatakse tsentromeeridele ja igale kromosoomile spetsiifilisi proove. Võrdlev genoomne hübridisatsioon: ● Metafaasi kromosoomidele hübridiseeritakse kaks erinevat genoomset DNA’d, kumbki eraldi värviga märgistatult
Arvatakse, et replikatsiooni initsieerimisel on E. coli'l kromosoomi origin ja ter-piirkond raku keskel, replikatsioo-ni käigus liiguvad originid bakteri terminustesse ning keskele jäävad ter järjestused, millele järgneb raku jagunemine. Osa baktereid reorganiseerib origini asukoha kahe replikatsiooni vahel, osa mitte. Näiteks E. coli origin liigub kahe replikatsiooni vahel raku keskossa, samas Caulobacter crescentus'el on origin alati ühe pooluse pool. Lisaks kromosoomsele DNA-le on bakteril veel DNA-sid, mis on keskkonnaga kohanemise seisukohalt olulised plasmiidid. Üldiselt peetakse plasmiide eluks mittehädavajalikeks. Plasmiidid aitavad koha-neda teatud keskkonnatingimustega ning üldiselt plasmiidid ei sisalda elutegevuseks hädavajalikke geene nagu näiteks ribosoomide geene. Plasmiidi ja kromosoomi mõiste võib olla hägune, sest üle 400 kb suurused plasmiidid sisaldavad ka ribosoomide geene ning pole konjugeeritavad.