1992. aastal alanud endise NL sõjaväe poolt tekitatud keskkonnakahjude hindamise tulemused näitasid, et enim oli objektidel pinnas saastunud naftaproduktidega, järgnesid metalljäätmed, ehitusmaterjalide jäätmed, plast- ja kummijäätmed ja kemikaalid. Looduskeskkonnale tekitatud kahju ulatus 56 miljardi kroonini. (Konts P., Lepik I., Moora H., Pallo T., Peterson K., Rekker A., Tõnisson K., Viss V., ,,Keskkonnakaitse kaitsejõududes" , 2002, lk. 25.) Pinnas ja jääkreostus Saastatud pinnas muutus eriti akuutseks seoses Vene sõjaväe lahkumisega. Pinnase saastumist põhjustavad: · põlevkivi aherainemägedest leostuvad saasteained; · soojuselektrijaamade tuhabasseinidest ja põlevkivikeemia ettevõtete jäätmehoidlatest väljauhutud saasteained; · naftasaadused ja raketikütuse jäägid endistes Nõukogude Liidu sõjaväebaasides; · endistel militaaraladel paiknenud ja paiknevad kemikaalid ja muud ohtlikud jäätmed;
Eesti suurimad keskkonnaprobleemid on järgmised: - õhu saastumine suurtes linnades ja tööstuspiirkondades, mis mõjub negatiivselt inimese tervisele, loodusele ja ehitistele; - tööstus-, põllumajandus- ja militaarobjektide jääkreostus, mis ohustab põhja- ja pinnavett ning rikub maastikke; - põhjaveevarude hoolimatu ja raiskav kasutamine ning sellest tulenev põhjavee kvaliteedi langus; - veekogude ebaotstarbekas kasutamine, reostamine ning sellest tulenevad probleemid; - keskkonna saastamine jäätmetega, prügilaterritooriumide kasv ning jäätmekäitluse halb korraldus; - elustiku ja maastike mitmekesisuse vähenemine, sealhulgas kaitsealade, üksikute liikide ja üksikobjektide ohustatus;