Muraka looduskaitsealal elab mitu kaitsealust loomaliiki ning kasvab haruldasi taimi. Oma rikka linnustikuga kuulub Muraka looduskaitseala Eesti kolme väärtuslikuma linnuala hulka (koos Kuresoo ja Puhatu soostikuga). Kaitsealal pesitsevad kalju- ning kalakotkas, kassikakk, metsis, sookurg, rabapüü, väike-koovitaja, kolmvarvas-rähn ja paljud teised. Raba kohal on nähtud lendamas ka rabapistrikku. Kaitsealustest taimeliikidest leidub lehitut pisikäppa, soohiilakat, kõdu-koralljuurt, kuradi-sõrmkäppa, künnapuud, harilikku näsiniint, harilikku ungrukolda. 1999. aastal muudeti kaitse-eeskirja, mille järgi looduskaitsealal eristatakse kuusteist sihtkaitse- ja viis piiranguvööndit. Inimesed ei või minna Arvila, Pasti ja Matkasoo looduslikesse sihtkaitsevöönditesse teatud ajavahemikul. Kogu kaitsealal on aasta läbi keelatud jaht ning kalapüük. Mootorsõidukite ning jalgratastega tohib liikuda vaid üldkasutatavatel teedel. Oht kaitsealale
Taimedest: suur paelsammal (Metzgeria conjugata), pehme koeratubakas (Crepis molli), virgiinia võtmehein (Botrychium virginianum), veel võib leida erinevaid sõnajalgu (Aspidiaceae), harilikku kuutõverohtu (Polygonatum odoratum), lõhnavat varjulille (Asperula odorata), hammasjuurt (Cardamine pulbifera), kaunist kuldkinga 20 (Cypripedium calceolus), kõdu-koralljuurt (Corallorhia trifida), kivi-imarat (Polypodium vulgare) ning teisi huvitavaid taimi. Veetaimestikust on esindatud lamedalehine jõgitakjas (Sparganium angustifolium) ning väike ning kollane vesikupp (Numphar pumilum, N. luteum). Lisaks turbasammaldele võime nii mätastel kui ka mätaste vahel leida harilikku jõhvikat (Oxycoccus palustre) ning kohati ka väikeseviljalist jõhvikat (O. microcarpus). Üheks omapärasemaks liigiks on aga pisike