mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille avaldumisele on uuritaval regulaatoril tugevam efekt ja siis, kui regulaatorvalk seondub ühte kindlasse saiti promootorala ees. Samas valgud, mis seonduvad paljudesse saitidesse, interakteeruvad tavaliselt ka teiste valkudega. Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-ga ei pruugi uuritava valgu seondumissait olla DNA järjestuse põhjal ennustatav. 2. Reportergeenide kasutamine transkriptsiooni liitjärjestuste konstrueerimiseks. Promootorita reportergeen (näiteks lacZ) inserteeritakse genoomi erinevatesse piirkondadesse, nii et see satub erinevate promootorite kontrolli alla. Edaspidi on võimalik uurida, milliste geenide
Aktivaatori spetsiifika on määratud tema seondumissaidi olemasoluga aktiveeritava geeni promootoralas või selle läheduses. Sageli seonduvad transkriptsioonifaktorid DNA-le kooperatiivselt. Tüüpiline DNA-ga seonduv valk sisaldab nii DNA-ga seondumise kui ka teiste valkudega interakteerumise domeene. Ühe valgu seondumine promootoralale võib soodustada teiste transkriptsiooni aktivatsioonil osalevate valkude seondumist DNA-le.Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-le on oluline, et nad oleksid üksteisega interakteerumiseks seondunud DNA-le samas faasis. Kui kahe seondumissaidi vaheline kaugus ei ole täispöördeline, ei pruugi valkudel transkriptsiooni aktivatsioonile efekti olla. Aktiveeritavatel promootoritel on -35 heksameer konsensusjärjestusest TTGACA märkimisväärselt erinev ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile. Sama aktivaator võib
annaabi.ee 
