arvutiprogrammid proovivad rekonstrueerida erinevaid pikemaid biopolümeeride järjestusi kasutades selleks sekveneeritud järjestuste joondamist mitmesuguste algoritmide alusel. Assemblerid tööpõhimõte eeldab, et kui kahel lugemil esineb nukleotiidiline ühisosa, siis pärinevad nad tõenäoliselt genoomi samast kromosoomi piirkonnast. Kui selline kattuvus on tuvastatud, siis joondab programm lugemid vastavalt kontiigideks. Kontiig ehk piirnevaid järjestusi moodustavad komplekt ülekattuvaid DNA segmente (lugemid), mis üheskoos moodustavad ühe DNA regiooni konsensuspiirkonna. Kontiigide puhul ei ole teada, kummast DNA ahelast on nad rekonstrueeritud. Asukoha määratlemiseks viiakse kontiigidega läbi protseduur, mida nimetatakse skäffoldimiseks. Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare (mate pair)
ja polüpeptiidide aminohappeline järjestus. 2. PCR, olemus polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) (ingl. Polymerase chain reaction, PCR)- Kindla DNA-järjestuse amplifikatsioon in vitro tingimustes, mis toimub paljukordse denaturatsiooni, oligonukleotiidsete praimerite hübridatsiooni ja polünukleotiidi sünteesi tsüklite tulemusel. 3. Fluorestsentsmärgistamine 4. Kontiigid kontiig (ingl. Contig)- DNA kattuvad alad (segmendid) või kogum kattuvaid kloone, mille põhjal saab moodustada DNA pidevjärjestuse või konkreetse kromosoomipiirkonna füüsilise kaardi. 5. Genoomide assambleerimine 1. Antikeha geenide assambleerimine a. Kerge ahela lambdageenide assambleerimine kahest geenisegmendist b. Kerge ahela kapageenide assambleerimine kolmest geenisegmendist c
annaabi.ee 
