Oma halduse ülesehitamiseks oli ordu territoorium jagatud väiksemateks haldusüksusteks komtuur- ja foogtkondadeks , mille keskus oli ordulinnus. Ordul oli Eesti alal neli komtuurkonda (Tallinna, Pärnu, Viljandi ja Kursi) ning seitse foogtkonda (Järva, Narva, Vasknarva, Karksi, Maasilinna, Rakvere ja Toolse). Ajutiselt oli olemas ka Lihula komtuurkond ning ametis Sauga foogt. Ordulinnuseid ja neid ümbritsevaid piirkondi (komtuurkondi ja foogtkondi) valitsesid komtuurid ja foogtid, neid abistasid konvendid. Ordu algusaegadel oli komtuuri ja foogti vahel selge seisusevahe, hiljem see kadus. Liivimaa Ordu sõjaväe (15. sajandi alguses umbes 4000 meest) moodustasid rüütelvennad koos sõjasulastega ja vasallid; 14. sajandi lõpus hakati kasutama ka palgasõdureid. + Saksa Ordu alad 1480 Vormiliselt oli Liivimaa Ordu kui Mõõgavendade Ordu õigusjärglane Liivimaa
Saksa ordu asutati 12.sajandil ning see oli üleeuroopaline organisatsioon. Selle peakontor asus Preisimaal. Eesotsas seisis üldkapiitlil valitud kõrgmeister, kes valitses ühtlasi ka Preisimaa valdusi. Ordu Liivimaa valdusi juhtis Liivimaa meister, Saksamaa ja Itaalia valdusi haldas ordu Saksamaa meister. Ordu Liivimaa harule kuulus üle poole Eesti ja Läti alast. Ordumeistri peamiseks residentsiks oli Riia linnus. Ordu territoorumi haldasid foogtid ja komtuurid, kes juhtis ka foogt- ja komtuurkondi, mille keskusteks olid linnused. Linnuste meeskond koosnes rüütelvendadest, vaimulikest, sõduritest, teenritest. Saksa ordu peaeesmärgiks oli kaitsa Liivimaa kristlasi ja sõdida “paganate” vastu. Sõjateenistus polnud kohustus. Sõjakäigul osalemine andis õiguse saada osa saagi jagamisel. 13. Sajandil oli liivimaalastel kõige rohkem sõjalisi konflikte leedukatega. Keskaegse Liivimaa võimusuhted Saksa ordu ja Riia peapiiskopi suhted olid reguleerimata. Esimeste