Kaevamised näitasid, et Lihula piiskopilinnuse näol on tegemist ühe unikaalseima 13. sajandi katserajatisega kogu Baltikumis. 1993. aastal asutati Mati Mandeli eestvedamisel fond (praegune MTÜ) Keskaegne Lihula, mille peamiseks ülesandeks sai algul rahalistesse raskustesse sattunud väljakaevamis- ja konserveerimistööde aitamine. Väga tähtsaks eesmärgiks sai ka Lihula ajaloo propageerimine. Kõige paremini oleks seda saanud teha kohamuuseum. Parima asukohana muuseumile tuli kõne alla mõisahäärber. Algul jäi aga asi soiku, sest mõisas tegutses sovhoos (hilisem osaühistu). Muuseumi jaoks ruumi ei olnud. Olukord muutus 1990. aastate keskel. Sovhoos lõpetas tegevuse ja 1995. aastal tagastati mõisasüda USA-s elavale õigusjärgsele omanikule Madli Roosiorg- Kirchhoffile. Fond hakkas kohe aktiivselt tegutsema, et pärijale selgeks teha - hoonesse peaks tulema muuseum. See õnnestuski. Veelgi enam, nähes fondi
Teine suurem kogudeliin kujunes Tallinnas Eestimaa Kirjanduse Ühingu nime all. 1865. aastal asutati Saaremaal Kuressaares kohalik muuseum ja selts, mille eestvedajaks oli Kuressaare kooliõpetaja Holzmayer, kes ise ka muistiseid kaevas. Tema enda arheoloogilised kaevamised panid alguse muuseumi kogule. Esialgu paiknesid muuseumikogud mehe enda kodus, kuid 1892. aastal paigutati tema kogud Kuressaare linnusesse, kus need ka publikule avati. Viljandi muuseum on samuti üks vana kohamuuseum. 1878. aastal toimusid Viljandi ordulinnuse väljakaevamised. Enamik esemeid, mis sealt välja kaevati, tehti kohe rahaks. Ka kaevamiste vaatamise eest võeti raha. Sellegipoolest leiti sealt suur osa leide, millest palju asju sattus ka kaevamistel osalenud inimeste isiklikku kollektsiooni. Pärnu muuseumis oli Eesti suurim kiviaegsete luuesemete kollektsioon. Tuntumad kogujad olid Bolz, Glück ja Rambach. 1896. aastal asutatu Pärnu muuseum. Sinna kogunes ka kultuuriloolisi esemeid.