Ka järelejäänud pastoritest polnud suurt asja, kuna nende haridus ja kõlblus jättis soovida. 1638.-1657. aastal oli Eestimaa piiskop Joachim Jhering, kes suutis luteri kiriku Eestimaal uuesti üles ehitada. Eesti- ja Liivimaal loodi luterlik kirikuvalitsus ehk konsistoorium. Vaimulikkonna juht oli kindralsuperintendent, kelle võim oli võrreldav piiskopiga. Liivimaa kirikuvalitsus viidi pärast ülikooli asutamist Tartusse ning kindralsuperintendendid olid sellest saadik enamasti ülikooli professorid. Rootsile, kes oli Kolmekümneaastases sõjas protestantliku leeri tähtsaim riik, oli luteri kiriku ülesehitamine muuhulgas ka riiklik poliitika. Eesti- ja Liivimaal pidi luteri kirik kaasa aitama ka rootsistamisele. Kirikute ülesehitamine ja pastorite harimine parandas Rootsi ajal kiriku olukorda tunduvalt. Rootsi aja lõpuks oli enamikul kirikuõpetajatel ülikooliharidus ja nad oskasid jutlust pidada eesti keeles
inimesed). Pühajõe mäss 1642 (talupojad hävitasid vesiveski, kuna pidasid seda pühaks peetava vee rüvetamiseks. Kohale tulnud sõjavägi vaigistas nad. Kirikukorraldus: rajaja Joachim Jhering (1580 - 1657 Stockholm): Eestimaa ja Tallinna piiskop(kiriku ukse ees jalgade pakkupanemine, häbipingil põlvitamine jne). Kiriku juhtivorganid(pärast Rootsi võimu kehtestamist): konsistooriumid (luterlikud kirikuvalitsused) Liivimaal ja Eestimaal, kindralsuperintendendid(1686 Rootsi kirikuseadus). 17. sajandil jäi luteri usk rahvale võõraks ja oli katoliku usuga segunendu muinasusund. Vene ajal: Säilis luteri kiriku roll (raske, õpetajatest ilma). Säilis rootsiaegne kirikukorraldus (kindralsuperintendendid). Luteri kiriku kõrvalvoolud sallitud: pietismi levik (kõlbelisus, kasinus, rahvalähedus), vennastekoguduste liikumine e hernhuutlus (usuvagadus, alandlikkus,
annaabi.ee 
