1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1
sfl_SF4435 CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTA------------ 1541 stm_STM0249 CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGC 1544 spt_SPA0256 CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTA------- 1546 ****************************************** c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1
annaabi.ee 
