Paralleelselt sadama ehitamisega rekonstrueeriti ka raudteed, ühendati uus sadam raudteega ja alustati teise rööpapaari ehitust Tallinna ja Tapa vahele. Eesti Raudtee praeguse transiidipotentsiaali üheks põhialuseks on Muuga sadam. 5. Teise Eesti Vabariigi aegsed liinid Raudteetranspordisüsteem Eestis on umbes 1200 km pikkune ja raudteeliinidest 900 km on avalikuks kasutamiseks. Raudtee peamine omanik on riik ning seda reguleerib Eesti Raudteeinspektsioon. Kaubaronge haldab Eesti Raudtee ja eraettevõtted, sealhulgas Eesti Raudtee Teenused (ERS AS), ja Spacecom. Reisijateveo teenuseid pakuvad kolm operaatorit: * Edelaraudtee * Elektriraudtee * Go Rail AS Eesti Raudtee haldab liine: * Tallinn-Tapa-Narva, 209,6 km. See liin sai valmis 1870 ja oli algselt osa Vene impeeriumi raudteeinfrastruktuuri võrgustikust, mis ühendab Paldiski kaudu Tallinna ja Narva Peterburiga. Reisironge teenindab sellel liinil Elektriraudtee (Tallinn-Aegviidu liinil),
Nende vahele jäävad sorteerimisrööbasteed, mis on rajatud mõnes sorteerimisjaamas kaldega põhiteede suunas. Nii on võimalik teha sorteerimistööd, kasutades selleks vagunite raskusjõudu. Sorteerimisjaama võib läbida ööpäevas kümneid kaubaronge. Haruteedel toimub ööpäev läbi vagunite sorteerimine, uute rongikoosseisude koostamine ja jaama saabunud koosseisude ümber- sorteerimine. Igapäevaselt koostatakse suurtes sorteerimisjaamades kümneid rongikoosseise. Saabunud rongikoosseisude osadeks lahutamise ja uute rongide komplekteerimisega tegeleb sor-
annaabi.ee 
