õukonna lossikiriku organistiks. Lisaks sellele mängis ta kammeransamblis klavessiini, viiulit ja vioolat. Weimaris olles kandideeris ta ka Halle Liebfraukirche organistiks, kuid loobus sellest, kuna palgaküsimuses ei jõutud kokkuleppele. Hertsogis põhjustas Bachi lahkumissoov kartust ning selleks, et viimane kindlasti Weimarisse jääks, lõi hertsog spetsiaalselt Bachi jaoks kontsertmeistri ameti. Tänu sellele tõusis Bachi töötasu, kuid see-eest pidi ta iga kuu komponeerima ja kapellile selgeks õpetama ühe kirikukantaadi. Weimari õukonda tabasid aga rasked ajad. Hertsog Wilhelm Ernsti ja tema vennapoja Ernst Augusti võimuvõitlusse kaasati teiste hulgas ka muusikud. Hertsog keelas ansambliliikmetel mängida Ernst Augusti heaks, viimane keelas aga muusikutel õukonnast lahkuda, ähvardades karistusega. Nii ka läks kui Bach 1717. aastal lahkumisavalduse andis, pandi ta ligi kuuks ajaks arestikambrisse. Weimari perioodil
Kõik see sundis Bachi juba järgmisel aastal töölt lahkuma. Arnstadti-Mühlhauseni perioodi tähtsamateks teosteks on kirikukantaadid "Gottes Zeit ist die allerbeste Zeit" ("Actus tragicus") BWV 106, "Christ lag in Todes Banden" BWV 4, "Gott ist mein König" ja "Aus der Tiefen rufe ich, Herr, zu dir" BWV 131 Weimar (17081717) Hertsog lõi spetsiaalselt Bachi jaoks kontsertmeistri ameti. Tänu sellele tõusis Bachi töötasu, kuid see-eest pidi ta iga kuu komponeerima ja kapellile selgeks õpetama ühe kirikukantaadi. Bach andis 1717. aastal lahkumisavalduse. Weimaris kirjutas Bach kirikukantaate ja suurema osa oma kuulsatest oreliteostest. Sellel perioodil puutus Bach kokku Antonio Vivaldi loominguga, mis mõjutas tema muusikat tugevalt. Seda näitavad tema tehtud Antonio Vivaldi kontsertide transkriptsioonid orelile. Köthen (17171723) Aastal 1717. läks Bach Köthenisse (ametlikult Cöthen), kus temast sai Anhalt-Kötheni vürst Leopoldi õukonna kapellmeister