Kadunud on mitmed varem esinenud vähetoitelisi veekogusid eelistavad zooblankterid. Tagasihoidlik on ka zoobentose hulk. Võrtsjärv on fütoplanktoni järv kus suurtaimestliku osatätsus primaarses produktsioonis on tühine. Suurtaimed katavad ligikaudu 15% järve pindalast ja üldse on sealt leitud kuni 81 liiki järve- ja sootaimi. Kõige rohkem suurtaimi on järve lõunaosas ja tuulevarjulistes lahtedes. Levinuim kaldaveetaim on pilliroog. Veesisesed taimed on laialt levinud, neist tähtsaimad on kaelus-penikeel ja tähkjas vesikuusk. Võrtsjärve kalastik on aegade vältel ouliselt muutunud. Nagu näitavad Kolga-Jaani kivisaarelt, ühelt Suur-Võrtsjärve saarelt, kiviaegsest asulast ja matusepaigast leitud kalaluud, püüti järvest peale ahvena ja säga isegi lõhet. Tõenäoliselt oli sel ajal järves rohkesti ka siiglasi jt hapnikunõudlikke kalu. Ökosüsteemi seisund
Taimestik. Võrtsjärv on tüüpiline fütoplanktonijärv. Bakter-, füto- ja zooplankton on levinud ühtlaselt. Fütoplanktonis valdavad sinivetikad. Vee õitsemine algab tavaliselt mais ja kestab septembrini või oktoobrini, mõnikord on täheldatud vee õitsemist ka kevadtalvel, jää all. Suurtaimestiku osatähtsus esmatoodangus on tühine. Kokku on leitud suurtaimi umbes 110 liiki, nad katavad ligikaudu 15% järve pindalast, enim on neid järve lõunaosas. Tavalisim kaldaveetaim on harilik pilliroog, veesisestest taimedest kaelus-penikeel ja tähk-vesikuusk. Loomastik. Loomhõljumi mass on väike – umbes 1 g/m3. Kalastik on aegade jooksul muutunud. Kolga-Jaani lähedalt kiviaegsest asulast leitud kalaluude järgi on Võrtsjärvest püütud isegi lõhet. Nüüdis-Võrtsjärves ja tema sissevoolude suudmeis elab püsivalt 32 kalaliiki ja üks sõõrsuuliik (ojasilm), kokku on loendatud (koos ajutiste liikidega) 36 liiki.
annaabi.ee 
