Teadusuuringute ja kalapüüki reguleerivate rahvusvaheliste organisatsioonide soovituste põhjal määrab EL iga-aastaselt kindlaks kogupüügi, mida EL kaluritel on lubatud järgneval aastal välja püüda. Liikmesriikide vahel jaotatakse kvoodid lähtudes ajaloolisest püügist kõnealuses piirkonnas. Antud rahvusliku kvoodi alusel tohivad kala püüda vaid selle liikmesriigi kalurid. Konkreetse kalavaru iga-aastase kvoodi suurus muutub vastavalt selle, kui suur kogupüügivõimalus mingile kalavarule kinnitatakse. Eestile eraldatav osa ühenduse püügivõimalustes püügilimiidiga reguleeritavate varude suhtes määratakse liikide ja piirkondade kaupa järgmiselt: Liik ICES või IBSFC piirkond Eesti osa (%) III b, c, d1, välja arvatud IBSFC Räim 10,761 halduspiirkond 3
kalandusfondi toetustega. Vähenenud on ka loale kantud kalurite arv rannapüügi sektoris. Püügimahtude vähenemine toob kaasa kalandusega tegelejate arvu vähenemise ning kahandab ka kalandusest sissetulekut saavate isikute ringi. Samas peab tõdema, et kala hinna tõusust tulenevalt ei ole kahanenud püütud kala väärtus keskmistes esmakokkuostu hindades. Kalaressursi vähenemine on põhjustanud nõudluse suurenemise kala järele ning 2008.a alanud majanduslangus on survet kalavarule veelgi suurendanud. See omakorda on kaasa toonud ebaseadusliku kalapüügi suurenemise ohu. Kalapüügiettevõtete vähenemine on toimunud ka Peipsi, Lämmi- ja Pihkva järve kalapüügil. Püügikorralduses on viimastel aastatel toimunud suur areng. Täiustatud või loodud on mitmeid elektroonilisi andmebaase kalapüügiga seonduvate andmete elektrooniline raporteerimise süsteem (ERS), laevade satelliitseiresüsteem (VMS),