Zooplanktoni üldise hulga aastajalisel muutumisel on suhteliselt selge ja muutumatu iseloom: talvel külmas vees on teda vähe, suvel soojas vees aga palju ning ta on jaotunud ühtlaselt kogu järve ulatuses. Zooplankton koosneb suures osas herbivoorsetest loomakestest, kes toituvad primaar- produtsentidest - vetikatest, ise on ta aga toiduks planktontoidulistele kaladele. Zooplankton on toiduahela keskne lüli ning tema võimsusest vetikasööjana ja sobivusest kalatoiduna oleneb toiduahela efektiivsus. Mida rohkem orgaanilist ainet jõuab vetikatest kaladesse, seda efektiivsem on toiduahel. Ainult suured zooplankterid suudavad süüa vetikaid ning olla kaladele sobivaks toiduks, seega suudavad vaid nemad olla efektiivsed energia transportijad. Teades Võrtsjärves domineerivaid zooplanktereid, on selge, et seal ei ole võimsaid vetika- sööjaid. Domineerivad keriloomad ja vesikirbud ei tule toime Võrtsjärves domineerivate
sootigu, koonujas sulgtigu, õhuke lametigu, harilik labatigu. Karbid Umbes 1850.a Eestisse sattunud rändkarp on praegu Peipsi järves väga massiline. Teda esineb ka mõnedes teistes järvedes. Paljudes siseveekogudes moodustavad karbid suurema osa põhjaloomastiku biomassist. (rändkarp, suur järvekarp, kiiljas jõekarp) Lülijalgsed Vesikirbulised etendavad tähtsat osa loomhõljumis ning kalade toidus Aerjalalised moodustavad loomhõljumi ühe komponendi ning nad on tähtsad kalatoiduna. Lõpushännaline – kaladel nugiv, magevetes tavaline Kakandiline – vesikakand Kirpvähilised – paljudes järvedes esineb arvukalt järve kirpvähki Kümnejalalised – jõevähk, oli veel sajandi lõpul Eesti jõgedes ja järvedes väga tavaline ja arvukas. Praeguseks on ta levila tunduvalt ahenenud ja arvukus langenud. Ämblikulaadsed – vesilestad on järvedes tavalised ja tihti arvukad. Muudest ämblikulaadsetest elab meil veel vesiämblik
annaabi.ee 
