Selle jõgikond katab umbes kuuendiku Eesti pindlast. Aluspind Alamjooksul voolab jõgi Devoni liivakivi- ja Siluri paasaluspõhja piiri lähedal, enamasti moreeni-, savi- ja liivakuhjatistes. Jõeorg on seal üldiselt laiem ja sügavam ning kive ja kärestikke on jõesängis kohati Pärnu jõe ülemjooksul. Jõesäng on Järvamaal enamasti madal, kivine ja uuristunud aluspõhjaga. Elustik Pärnu jõgi on Eesti üks liigirikkama kalastikuga ja kalarohkemaid jõgesid. Teada on kokku 30 kalaliigi ja kahe sõõrsuuliigi(merisutt ja jõesilm) leidumise koht. Jõeosades on ökoloogilised tingimused ja kalastiku koosseis oluliselt erinevad. Pärnu jõe valdavalt külma- ja jahedaveeline ülemjooks on üsna liigivaese kalastikuga. Edasi allavoolu kalaliikide arv suureneb ja saavutab maksimumi alamjooksu alumises osas Sindi paisust alamal, kus on üsna arvukalt siirde- ja poolsiirdekalu
Puupapivabriku paisud olid Tori-Jõesuus (Päästalas), ehitatud Jändjas ja Suurejõel ning kalevivabriku pais Sindis. Tänapäeval on säilinud jõepaisud Tarbjas, Jändjas, Kurgjal ja Sindis. Suurejõe, Vihtra, Levi ja Oore-Virula veskipaisud on lagunenud kärestikeks. 4 Elustik Pärnu jõgi on Eesti üks liigirikkama kalastikuga ja kalarohkemaid jõgesid. Kokku on teada 30 kalaliigi ja kahe sõõrsuuliigi(merisutt ja jõesilm) leidumise koht. Jõeosades on ökoloogilised tingimused ja kalastiku koosseis oluliselt erinevad. Pärnu jõe valdavalt külma- ja jahedaveeline ülemjooks on üsna liigivaese kalastikuga. Edasi allavoolu kalaliikide arv suureneb ja saavutab maksimumi alamjooksu alumises osas Sindi paisust alamal, kus on üsna arvukalt siirde- ja poolsiirdekalu. Ülemjooksul Pudimäe (Kükita) silla ümbruses ning Paide