Viies tase Märgalad Poollooduslikud rohumaad Rahvusvahelise tähtsusega liigid ja elupaigatüüpid Eesti tähtsate linnualad Rahvusvahelise tähtsusega märgalade ehk Ramsari alad Vääriselupaikadena valiti välja 19 059 ha. Kaitse korraldamine Iga liikmesriik võib Natura 2000 alade kaitse korraldamiseks valida endale sobivad meetmed. Eestis jäävad kaitsealad kaitsealadeks; praeguste kaitsealade kaitseeeskirjad tagavad alade piisava kaitstuse ja enamasti jääb nende reziim muutmata. Väljaspool kaitsealasid asuvatest, aga Naturavõrgustikku arvatud aladest, mille loodusväärtused ei vaja säilimiseks ranget kaitsereziimi, saavad hoiualad. Natura rahastamine Eestis Natura 2000 alade kaitseks vajalikke tegevusi peavad liikmesriigid rahastama subsidiaarsuse printsiibil riiklikest eelarvetest, kuid selleks on võimalik saada kaasfinantseeringut Euroopa Liidu vahenditest
Samuti loetakse tundlikuks neid pae- ja karstialasid, kus põhjavesi on vähe kaitstud. Põllumajanduslikule reostusele tundlike piirkondade kaitseks määratletakse Veeseaduse alusel Eestis nitraaditundlikud alad. Nendel aladel on sõnniku ja mineraalväetiste kasutamine piiratum ning arvesse tuleb võtta erinõudeid, mis on täpsustatud Veeseaduses ning nitraaditundlike alade kaitseeeskirjas. Nitraaditundlikud alad ning nende kaitseeeskirjad kehtestab Veeseaduse alusel Vabariigi Valitsus. Kitsenduste kompenseerimiseks, mis tulenevad nitraaditundliku ala kaitseeeskirjast vähendatakse neil aladel maamaksumäära. Ohtlike ainete mõju Valgalalt võib veekogudesse ning põhjavette sattuda ka palju teisi aineid, mis võivad kahjustada ning tekitada reostust veekogudes ja põhjavees. Paljud sellised ohtlikud ained võivad oma mürgisuse, püsivuse või bioakumulatsiooni tõttu põhjustada ohtu inimeste
annaabi.ee 
