Distantsmeetodid (UPGMA, NJ, ME – min.evo) kaotavad osa infost, kui muudavad originaaladmed järjestuste evolutsioonilisteks kaugusteks. Säästumeetod kasutab ainult säästumeetodi-informatiivseid nukleotiidipositsioone. Ainult säästumeetod saab hõlpsasti kasutada indeleid. Suurimatõepära meetod võib eirata nukleotiidipositsioone, milles mõne taksoni järjestustel puudub nukleotiid (indelid). Suurima tõepärameetod ja säästumeetod on võimsad meetodid – vajavad suht vähe tunnuseid. Kooskõlalisus – kooskõlalisus õige puuga; andmete juurde tootmisel konstrueerib õige puu. Puude konstrueerimise meetodid ei ole kooskõlalised, kui asendused pole sõltumatud ja võrdselt tõenäolised kõigis nukleotiidipositsioonides. Distantsmeetodid ei ole kooskõlalised, kui kaugused pole aditiivsed
viib see olukorrani kus C asendub A või T-ga suurema kiirusega kui mujal saitides. Mutatsiooni hotspotid on mutatsiooni-vastuvõtlikud regioonid. Ehk piirkonnad kus võib mutatsioone näha suurema sagedusega. On saidid kus esinevad SNPid nii inimestel kui šimpansitel – nagu konserveerunud või midagi sellist – piirkonnad kus on suurem mutatsioonikiirus. • Samuti on näidatud, et mutatsioonikiirus on suurem insertsioonide ja deletsioonide läheduses. Indelid tõstavad mutatsioonikiirust kuid mitte spetsiifilistes saitides, pigem mutatsioonikiirus on suurem indeli läheduses ja see mutatsioonikiirus langeb peale mitmeid sadu nukleotiide. • Kiiresti evolutsioneeruvad eksonid sisaldavad AT-to-GC asenduste klastreid. Ehk AT muteerumine GC-ks – toimub GC sisalduse suurenemine. GC alleelide fikseerumist juhib kallutatud geenikonversioon. • • Duonid • Duon on topelt tähendusega koodon genoomis
annaabi.ee 
